Basic Field Epi: Participants' Workbook/id

Manual Peserta

Mengenai manual ini

Manual ini terdiri atas ikhtisar singkat mengenai judul-judul sesi dan konsep-konsep utama dari kursus pelatihan pada Epidemiologi Lapangan Tingkat Dasar.

Salinan manual ini dimaksudkan untuk diberi pada setiap peserta yang menghadiri kursus pelatihan dalam Epidemiologi Lapangan Tingkat Dasar.

Buku Sumber Daya - Epidemiologi Lapangan Tingkat Dasar yang lebih detail telah disiapkan sebagai buku rujukan lengkap untuk kursus pelatihan ini. Ini akan dapat diakses melalui laman iSIKHNAS secara langsung atau sebagai file elektronik yang dapat diunduh.

Manual ini disusun dengan judul-judul sesi berdasarkan susunan dan konten sesi pengajaran dalam kursus pelatihan selama tiga hari yang disiapkan untuk penyampaian materi.

Sesi 1 Sambutan dan Pengenalan

Struktur kursus

            Sesi           Judul sesi

            Sesi 1         Sambutan dan Pengenalan               

            Sesi 2         Ikhtisar Epidemiologi

            Sesi 3         Tanda, sindrom, dan membuat diagnosis

            Sesi 4         Investigasi Penyakit

            Sesi 5         Penyebab penyakit

            Sesi 6         Cara penyakit berkembang

            Sesi 7         Penularan dan penyebaran penyakit

            Sesi 8         Menggunakan epidemiologi lapangan sebagai pendekatan investigasi penyakit yang lebih besar

            Sesi 9         Mengumpulkan data dan menghitung kasus  

            Sesi 10       Memahami informasi     

            Sesi 11       Pendekatan epidemiologis pada kasus umum

            Sesi 12       Evaluasi, Kesimpulan, dan Penutupan Kursus            

1.2 Pengenalan

Kursus ini telah dikembangkan sebagai bagian program Kemitraan Australia-Indonesia untuk Penyakit Menular yang Baru Muncul untuk mendukung pekerjaan paravet di lapangan, untuk mengenali peran penting mereka dalam kesuksesan sistem informasi kesehatan hewan, iSIKHNAS, dan untuk mendukung hubungan kuat antara pelayanan Pemerintahan dan komunitas peternakan lokal di sekitar Indonesia.  Ini ditargetkan pada penguatan keterampilan, keyakinan, dan pendekatan umum paravet saat menangani masalah kesehatan hewan. Dampak peningkatan dalam kesehatan hewan dan produksi akan lebih baik secara keseluruhan dalam kesehatan dan kesejahteraan komunitas.

1.3 Apa yang akan kita pelajari dalam kursus ini?

Selama tiga hari ke depan, kita akan membicarakan tentang:

• perbedaan antara tanda, sindrom, penyakit, dan diagnosis;

• pendekatan sistematis pada investigasi penyakit pada hewan yang melibatkan pengumpulan jenis bukti yang berbeda - melalui sejarah’s hewan, pemeriksaan klinis, melihat lingkungan, dan pengujian laboratorium;
• memahami penyebab penyakit dan bagaimana cara menggunakan informasi ini untuk menilai dan menjelaskan pilihan untuk para peternak untuk mengobati dan mencegah penyakit pada ternak mereka menggunakan informasi tambahan ini;

• menyumbang data yang berguna pada iSIKHNAS dan mengakses informasi dari iSIKHNAS untuk membantu anda dalam pekerjaan anda

Dengan mempelajari setiap wilayah ini, peserta akan mendapat keterampilan baru.

Apa yang akan anda dapat lakukan di akhir kursus ini?

Di akhir kursus ini, anda akan dapat menggunakan keterampilan epidemiologi lapangan bersama dengan keterampilan klinis hewan individu untuk memberi diagnostik, pengobatan, dan pelayanan pencegahan penyakit yang lebih baik untuk ternak dan pemiliknya. 

Sesi 2 Ikhtisar Epidemiologi Lapangan

Key concepts

Epidemiologi adalah kajian pola dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan atau populasi.

Field epidemiology refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda mendapat pemahaman yang lebih dalam mengenai cara dan waktu penyakit muncul. Ini membantu anda untuk:

• memahami penyebab penyakit di tingkat populasi untuk menjelaskan alasan penyakit muncul, bahkan saat anda tidak yakin penyebab pastinya

• memberi nasihat yang lebih baik pada petani mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit

Paravet memberi pelayanan pada pemilik ternak untuk mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan.

Paravet sering dipekerjakan oleh pemerintah setempat sebagai petugas kesehatan hewan di tingkat kabupaten untuk membantu kegiatan-kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, mengumpulkan data sensus dan penyediaan jasa pembibitan.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Kesuksesan iSIKHNAS bergantung pada paravet yang menyumbang data ke dalam sistem iSIKHNAS.

Mempelajari keterampilan epidemiologi lapangan dan menerapkannya dalam pekerjaan sehari-hari akan membantu paravet menyediakan pelayanan yang lebih baik pada peternak dan untuk menggunakan iSIKHNAS dengan lebih efektif. Paravet akan lebih siap untuk menginvestigasi penyakit dan memberi pengendalian penyakit yang efektif. Kesehatan dan produksi ternak yang berkembang akan memberi manfaat bagi kesehatan dan kesejahteraan komunitas Indonesia.

Sesi 3 Tanda, sindrom, dan membuat diagnosis

Key concepts

Penyakit pada hewan seringkali akan menyebabkan kesehatan yang menurun, produksi, dan berujung pada kematian.

Tanda adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan orang-orang dapat mendeteksinya.

Sindrom mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.

Diagnosis diferensial adalah penyakit yang dapat menyebabkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali terdapat lebih dari satu penyakit yang dapat menyebabkan tanda yang sama.

A definitive diagnosis is reached when the veterinarian is confident there is one disease that is most likely to be affecting the sick animal(s).

Beberapa tanda penyakit mudah dilihat, seperti pincang, batuk, diare, bobot turun drastis, dan kematian. Beberapa penyakit mungkin menunjukkan sedikit tanda penyakit atau perubahan yang tidak kentara dan sulit untuk dilihat, seperti kesuburan berkurang, bobot berkurang sedikit, atau produksi susu berkurang. iSIKHNAS memiliki daftar tanda atau kode umum untuk mempermudah pelaporan tanda lebih mudah dan konsisten. Pelapor desa (pelsa), paravet, dan dokter hewan memainkan peran yang amat penting dalam identifikasi, pelaporan, dan pengobatan tanda-tanda ini.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang mungkin mengidap penyakit penting tertentu.

Sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai mengikutsertakan hewan apapun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, hidung berair, napas meningkat, dan sebagainya.

Sebuah sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, berliur, depresi) digunakan untuk mengenali anjing yang mungkin mengidap rabies. Anjing-anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah ada tanda-tanda yang menunjukkan penyakit rabies dan mereka akan dibunuh atau dikirim untuk pemeriksaan rabies.

iSIKHNAS menggunakan beberapa sindrom prioritas untuk pelaporan penyakit. Ini  didesain untuk membantu mengidentifikasi hewan yang memiliki satu dari penyakit-penyakit prioritas berikut: avian influenza, brucellosis pada sapi potong, anthrax, penyakit mulut dan kuku pada ternak, rabies, dan sampar babi.

Investigasi penyakit mencoba dan mengidentifikasi kemungkinan penyebab penyakit pada hewan. Penemuan awalnya digunakan untuk mengembangkan daftar diagnosis diferensial, lalu memperkecil daftar ini dan mengidentifikasi diagnosis definitif. Kadang kita hanya dapat mengidentifikasi diagnosis yang paling mungkin di antara daftar diagnosis diferensial yang pendek.

Sesi 4 Investigasi Penyakit

Key concepts

Investigasi penyakit adalah sebuah proses yang terstruktur dengan empat bagian:

1. Riwayat

1. Pemeriksaan klinis hewan sakit

1. Pemeriksaan lingkungan

1. Collection of samples for laboratory submission (in some cases)

Informasi dari investigasi digunakan untuk:

• Mengembangkan daftar diagnosis diferensial (kemungkinan penyakit yang dapat menunjukkan tanda-tanda)

• Memperkecil daftar diagnosis diferensial untuk mengidentifikasi diagnosis yang paling mungkin

• Memahami kemungkinan penyebab dan memutuskan pengobatan

• Menasihati peternak mengenai strategi pengendalian untuk mencegah kasus-kasus mendatang pada hewan atau manusia

Penemuan-penemuan dari investigasi akan mengidentifikasi tanda atau sindrom yang ditunjukkan hewan sakit. Ini digunakan untuk menentukan daftar diagnosis diferensial.

Seiring masing-masing tahap pemeriksaan dilakukan, daftar diagnosis diferensial harus ditinjau dan diubah bergantung pada informasi baru.

Diagnosis penyakit yang tepat pada seekor hewan individu seringkali membutuhkan keterampilan klinis dan epidemiologi dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pemeriksaan patologi.

Pengujian laboratorium harus digunakan dan diartikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya, sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan pengelolaan penyakit pada hewan.

Kadang tidak memungkinkan untuk membuat sebuah diagnosis definitif. Dalam situasi ini, penemuan-penemuan investigasi digunakan untuk mengidentifikasi diagnosis yang paling mungkin dan untuk memperpendek daftar diagnosis diferensial sebisa mungkin. Ini tetap amat berguna saat memutuskan pengobatan dan tindakan pencegahan.

Investigasi penyakit menggabungkan keterampilan veteriner klinis (kemampuan untuk memeriksa hewan sakit individu dan mengidentifikasi tanda-tanda penyakit dan artinya) serta keterampilan epidemiologi (memahami penyebab penyakit dan cara penyebab berinteraksi untuk membentuk penyakit). Investigator yang bagus juga membutuhkan kemampuan untuk berkomunikasi secara efektif dengan peternak dan untuk mengamati situasi di sekitar mereka saat mereka mengunjungi sebuah peternakan untuk melakukan investigasi.

Sesi 5 Penyebab penyakit

Key concepts

Sebuah penyebab adalah apapun yang dapat mempengaruhi apakah sebuah penyakit muncul atau tidak muncul pada satu atau banyak hewan

Investigasi penyakit bertujuan untuk mengidentifikasi penyebab penyakit.

Memahami penyebab penyakit akan membantu anda memahami cara penyakit tertentu muncul dan membantu anda mengidentifikasi pengobatan dan tindakan pencegahan untuk mengurangi penyakit dalam populasi.

Treatment and prevention measures are often aimed at breaking the effect of specific causes on the occurrence of disease.

Pengetahuan penyebab penyakit dan cara mereka menyebabkan penyakit adalah penting.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Hubungan antara penyebab penyakit dapat ditampilkan dalam diagram sebab-akibat (lihat diagram sebab-akibat untuk anthrax di halaman berikut). Diagram sebab-akibat dapat menunjukkan cara penyebab berkaitan dengan lingkungan, agen, dan inang (hewan) dapat bekerjasama untuk mempengaruhi apakah penyakit muncul atau tidak.

Seekor hewan yang terinfeksi Anthrax meluruhkan penyakitnya di tanah.  Spora-spora ini dapat tetap hidup di tanah untuk waktu yang amat lama jika tidak dimatikan dengan tepat melalui pembakaran dan dekontaminasi.  Hewan yang tidak divaksinasi yang bersentuhan dengan spora-spora itu dapat terinfeksi. Menyentuh tanah dapat mengangkat spora-spora itu ke permukaan, tempat hewan amat mungkin menelan atau menghirupnya. Interaksi antara penyebab-penyebab ini dan cara mereka mempengaruhi keberadaan anthrax pada hewan ditunjukkan dalam diagram sebab-akibat di halaman berikut.

Memahami penyebab dan cara mereka berinteraksi dapat menuju pada intervensi. Untuk anthrax, membakar karkas hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi dengan cairan tubuh dari hewan yang terinfeksi, dan memberi vaksinasi pada seluruh kawanan ternak akan menurunkan risiko infeksi dari spora-spora di lingkungan.  Setiap tindakan ini dapat dianggaps ebagai mematahkan penghubung dalam diagram sebab-akibat dan mencegah penyakit muncul.

Causal diagram for anthrax

The following disease information sheet has been written to represent information para-veterinarians might access during their day to day work to aid in managing disease events. It is intended to accompany a group activity undertaken during Session 5.

Newcastle Disease Information sheet

Infectious agent: The infectious agent is Newcastle Disease Virus (NDV). Different strains of NDV cause mild, moderate, or severe disease in chickens.

Host species: Chickens are highly susceptible to disease. Many other bird species can be infected and may show milder disease signs (turkeys, pheasants, quail, parrots, pigeons). Wild bird species may carry and shed NDV without disease. NDV can infect humans and cause eye infections, headache and flu-like signs.

Clinical signs of infection in a susceptible flock: NDV is highly contagious and can spread through a susceptible flock in days. Where NDV is endemic it may cause less severe disease.

      The incubation period is usually 5-6 days (range from 2-15). Young birds are most susceptible.

­   Respiratory signs include gasping, coughing and sneezing

­   Digestive signs include watery-green diarrhoea

­   Nervous signs include depression, tremors, paralysis, twisted necks, circling.

­   Egg production drops or stops. Eggs may be abnormal in colour, shape, or surface.

­   The head and neck (including comb and wattles) may be swollen and cyanotic (bluish in colour)

Post mortem changes: Chickens dying suddenly may show little change on post mortem. Changes include oedema of the neck, haemorrhages in the respiratory tract and through many organs.

Laboratory testing: Samples collected from sick birds (serum or blood, and cloacal and tracheal swabs are collected into viral transport medium) to test for virus.

Differential diagnoses: There are many conditions that may cause similar signs. These include:

­   Poor management such as lack of food, water or inadequate ventilation.

­   Parasites (external and internal)

­   Other infectious diseases include: avian influenza, fowl cholera, laryngotracheitis, fowl pox, mycoplasmosis , infectious bronchitis, marek’s disease, gumboro disease

Transmission: Virus is shed from mouth, nose, faeces and eggs from infected birds. Virus is in all parts of the carcass of infected birds when they die or are killed. Chickens are infected by direct contact with sick birds or by contaminated water or food. Infection can be spread by movement of infected birds or contaminated people, equipment, food etc. from infected farms to uninfected farms.

Epidemiology: NDV cases may show seasonal patterns, when more birds are brought to market (increased mixing) or when migratory birds travel to new locations.

Control of NDV disease in chickens:

­   Vaccination of chickens can result in a very large reduction in mortality due to NDV.

­   General husbandry measures are also important in controlling NDV.

o   Keep chicken housing areas clean and dispose of dead birds, droppings, feathers etc in a way that prevents other birds from coming into contact with them (burning or burial)

o   Provide good food and water and housing for birds.

o   Prevent or treat for internal and external parasites if necessary.

­   Don't buy sick birds. Have a quarantine area where new birds can be kept separate for ~2 weeks to make sure they don't develop any disease and introduce disease into the flock.

Session 6 How infectious disease progresses

Key concepts

Within the host (animal) there are a number of steps that determine if the animal develops disease after being exposed to an infectious agent.

Infected animals may develop chronic disease, die from the disease or may recover.

Animals that recover often develop immunity to the infectious agent. Immunity may last a lifetime or it may be shorter. If the immunity declines the animal may become susceptible to infection again.

Herd immunity describes a form of immunity that occurs when a significant portion of a population of animals is immune and this provides protection for the susceptible animals

Figure: Progression of an infectious disease in individual animals showing disease states and outcomes in shaded boxes at the top. The diagram is ordered in time from left to right.

Firstly an animal must be susceptible to a disease to become infected. A susceptible animal must be exposed to an infectious agent in order for infection to occur. Exposure means that the infectious agent has entered the body of the animal in some way. Not every exposure will result in infection. Sometimes after exposure the infectious agent will die or be killed by the animal’s immune system before it can cause infection.  If the infectious agent begins to grow and replicate within the body then at this point the animal moves from exposure to infection. In the very early stages of infection the animal will usually show no signs of disease. This is called the incubation period.

The incubation period starts with infection of the animal and ends with the onset of clinical signs of disease. In some cases infected animals may not show any signs of disease.

Infected animals may develop chronic disease (continue to be infected and show signs of disease), die from the disease or may recover. Recovered animals may recover completely and eliminated all infectious agent from their system. Sometimes recovered animals stop showing any clinical signs of disease but continue to carry the infectious agent (carrier).

In some diseases, infected animals may never develop clinical signs of disease.  In other diseases almost all infected animals may develop signs of disease.

We are also interested in the way disease may spread through the population. Some diseases spread quickly through a population whereas other disease spread slowly. For diseases that are present in the population already (endemic diseases) the population will be made up of a mixture of susceptible animals, infected animals and recovered animals. Recovered animals may or may not be immune influencing whether or not they can get re-infected with the same disease if exposed again.

When many animals are immune, introduction of infection may result in little spread because an infectious animal may be more likely to encounter immune animals than susceptible animals. This is called herd immunity.

Progression of an infectious disease in a population showing a single infected animal (black circle), susceptible animals (outline with no shading) and immune animals (gray shading). The infected animal is shedding agent and exposing either susceptible animals (no shading) or immune animals (shading) to infection. If the infectious animal only encounters immune animals (see image on the right) there will be no disease transmission.

Session 7 Transmission and spread of disease

Key concepts

Transmission describes how an infectious agent can move from one animal to another

Maintenance describes how an agent can survive in a population over time

Spread describes how an agent can move from one population to another

For transmission or spread to occur, an infectious agent must leave the infected animal and enter a susceptible animal.

Infectious agents can leave an infected host in biological fluids or excretions from eyes, nose mouth, or in milk, faeces, urine or in pus or other discharges from wounds or in blood or tissues.

Susceptible animals may get exposed to infectious material via direct contact (by touching or sniffing or licking an infectious animal that is shedding infectious agent) or indirectly by ingesting or contacting infectious material in the environment. Indirect contact only works if the infectious agent can survive for a period in the environment.

Exposure (entry of an agent into a new host) may occur through different mechanisms such as ingestion, breathing in the agent, through mucous membranes of the eye or mouth or nose, through skin, during breeding or by some management or procedure (injection, dehorning etc).

Infectious agents have developed different ways to survive over time (maintenance). Some agents have a resistant form that can survive in the environment (anthrax spores). Some agents have intermediate forms that survive in other hosts (parasites). Some agents are capable of infecting multiple species (rabies). Some agents form persistent infections or carrier states. Some agents cause little immune response or alter their genetic make up so they can re-infect animals again (influenza).

Session 8 Field epidemiology to approach larger disease investigations

Key concepts

Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected. Epidemiology skills are even more important where there are larger numbers of animals affected, the disease is spreading rapidly and where it is unclear what the causes of the disease may be.

Larger disease investigations start with the usual disease investigation (as outlined earlier) and then involve additional procedures including:

1. Developing a case definition and assign animals to cases and non-cases

1. Collecting data on cases and non-cases

1. Applying simple analyses to data on cases and non-cases to describe the disease and identify possible causes

1. Describing initial findings and making recommendations

A case definition is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. Often there are 3 levels: confirmed case; suspect case; and non-case.

A case is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to confirmed case, suspect case, or non-case. Information is then collected and examined to look for associations that identify potential causes of the disease.

Case definitions ensure that your focus is maintained on the specific disease of interest and that you can exclude other diseases that may be occurring in the population at the same time.

Session 9 Collecting data and counting cases

Key concepts

Data on cases and non-cases are collected through a process like the disease investigation:

Asking the farmer questions (history)

Direct observations (examination) of cases and non-cases and of the environment

Laboratory results (if samples were submitted to the lab)

Example of questions you may ask the farmer:

• When did the first case of this disease become apparent?
• Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
• Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
• Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
• Have there been any animal movements into this group or out of this group?
• Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
• Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?

Session 10 Making sense of the information

Key concepts

Data on cases and non-cases are then analysed to look for patterns including:

• Patterns of disease occurrence over time (epidemic curve)

• Patterns of disease occurrence in space (mapping)

• Patterns of disease occurrence by animal characteristics (were there more cases in males than females or young animals compared with old animals etc)

Understanding patterns of disease will help you to identify general causes and allows you to put effective control strategies in place even if you don’t know exactly what disease might be causing the signs.

Use patterns to determine if the disease is likely to be contagious or not contagious and put general control measures in place based on this finding while you conduct further tests to try and identify a diagnosis and more specific causes.

Immediate control measures where the cause might be contagious include:

• Separate sick and healthy animals (isolate sick animals)

• Stop movement of animals off the farm (or onto the farm)

• Apply treatments to sick animals

• Consider applying treatment to other healthy animals on the farm to try and stop them getting infected

• Other biosecurity measures - cleaning and disinfection, disposal of infectious material (bodies, fluids etc)

Immediate control measures where the cause might be non-contagious include:

• Consider moving animals to a new paddock or changing feed

• Consider treatment of sick animals if appropriate

• Make sure animals have good feed and water and clean dry bedding or pastures.

If you are not sure what the diagnosis might be and you are not even sure whether the signs are consistent with a contagious disease or not, then the safest course of action is to implement initial control measures based on controlling a contagious disease. If additional information is collected that then suggests the disease may not be contagious then you can relax the control measures.

If you think the disease could be a priority disease then you will be likely to conduct further investigations and collect samples for testing in the laboratory. If a priority disease is confirmed (FMD, HPAI etc) then there may be additional formal control measures put in place including quarantine of affected farms, test and slaughter programs, vaccination programs or other activities.

Session 11 Application of epidemiological approach to routine cases

Key concepts

Using field epidemiology skills even in routine day-to-day activities will improve the way you think about diseases and disease control.

Think about the possible causes of disease and whether they may be associated with the host, agent, or the environment.

Use this information to understand how and why the disease has occurred and to guide your treatment and preventive measures.

Field epidemiology skills are particularly important in investigating larger disease events or situations where the diagnosis and causes are unclear.

Field epidemiology skills are also very important for para-vets involved in priority disease control programs.

The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining the processes to farmers.