Wiki Sumber Informasi iSIKHNAS - User contributions [en]

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:36:48Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Sebagai contoh, keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di suatu tempat atau waktu pada hewan-hewan tertentu?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak sakit atau mati?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat melindungi lebih banyak hewan agar tidak sakit atau mati?

* '''Menjelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman mengenai interaksi diantara berbagai faktor penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/26/id

2015-02-15T11:36:46Z

Yusatya:

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:34:05Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Sebagai contoh, keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di suatu tempat atau waktu pada hewan-hewan tertentu?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak sakit atau mati?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat melindungi lebih banyak hewan agar tidak sakit atau mati?

* '''Menjelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman mengenai interaksi diantara berbagai faktor penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/25/id

2015-02-15T11:34:01Z

Yusatya:

* '''Menjelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman mengenai interaksi diantara berbagai faktor penyebab penyakit'''

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:30:21Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Sebagai contoh, keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di suatu tempat atau waktu pada hewan-hewan tertentu?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak sakit atau mati?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat melindungi lebih banyak hewan agar tidak sakit atau mati?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/24/id

2015-02-15T11:30:19Z

Yusatya:

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat melindungi lebih banyak hewan agar tidak sakit atau mati?

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:28:59Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Sebagai contoh, keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di suatu tempat atau waktu pada hewan-hewan tertentu?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak sakit atau mati?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/22/id

2015-02-15T11:28:57Z

Yusatya:

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak sakit atau mati?

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:24:04Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Sebagai contoh, keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di suatu tempat atau waktu pada hewan-hewan tertentu?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/20/id

2015-02-15T11:24:02Z

Yusatya:

Q: Mengapa anthrax terjadi di suatu tempat atau waktu pada hewan-hewan tertentu?

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:22:35Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Sebagai contoh, keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/18/id

2015-02-15T11:22:33Z

Yusatya:

Sebagai contoh, keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:15:01Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/17/id

2015-02-15T11:14:59Z

Yusatya:

Penerapan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi, pengendalian, dan pelaporan penyakit di tingkat lokal, kabupaten/kota, dan provinsi akan meningkatkan:
* Identifikasi penyakit
* Surveilans untuk kebutuhan penyakit lokal yang dapat menghasilkan beberapa informasi di tingkat nasional
* Informasi bagi pemerintah untuk membantu alokasi sumber daya dalam rangka menurunkan tingkat penyakit (misalnya program vaksinasi) dan dampaknya di tingkat kabupaten/kota atau provinsi
* Manfaat ekonomi bagi masyarakat melalui kesehatan hewan yang lebih baik

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:08:16Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/16/id

2015-02-15T11:08:14Z

Yusatya:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya''' jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T11:08:00Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya" jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/16/id

2015-02-15T11:07:59Z

Yusatya:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat dan produktif. Peternak akan memperoleh '''hasil yang lebih baik sehingga dapat meningkatkan kesejahteraan dan keamanan finansial mereka'''.
*Peningkatan apresiasi dan kepercayaan pada pelayanan paravet akan mendorong peternak untuk lebih sering meminta paravet setempat untuk membantu mengatasi masalah kesehatan ternaknya. Paravet akan '''memiliki kesempatan yang lebih besar untuk mengobati ternak sekaligus meningkatkan pendapatannya" jika peternak terdorong untuk memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*Desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia) apabila '''ternak lebih sehat, peternak lebih puas, dan penyakit zoonosis lebih rendah'''.

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T10:37:55Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat yang lebih produktif. Peternak akan mendapatkan "hasil yang lebih baik dan meningkatkan kesejahteraan mereka secara umum dan finansial.
*Peningkatan apresiasi kepada dan kepercayaan atas pelayanan yang diberikan paravet akan membuat peternak meminta paravet setempat dengan lebih cepat dan lebih sering ketika mereka memiliki masalah kesehatan ternak. Paravet akan "memiliki kesempatan lebih untuk mengobati ternak dan meningkatkan pendapatan" jika peternak memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia)dengan memiliki "ternak yang lebih sehat, peternak yang lebih puas dan penyakit zoonosis yang berkurang".

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/15/id

2015-02-15T10:37:52Z

Yusatya:

Dengan meningkatkan keterampilan epidemiologi lapangan, anda dapat membantu masyarakat setempat dengan lebih baik sehingga meningkatkan peran penting anda di masyarakat. Keuntungan-keuntungan yang dapat diperoleh antara lain:

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T10:07:51Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Meningkakan keterampilan dalam epidemiologi lapangan akan membatu masyarakat setempat dan juga meningkatkan pentingnya peran Anda di dalam masyarakat. Keuntungan-keuntungan tersebut termasuk;

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat yang lebih produktif. Peternak akan mendapatkan "hasil yang lebih baik dan meningkatkan kesejahteraan mereka secara umum dan finansial.
*Peningkatan apresiasi kepada dan kepercayaan atas pelayanan yang diberikan paravet akan membuat peternak meminta paravet setempat dengan lebih cepat dan lebih sering ketika mereka memiliki masalah kesehatan ternak. Paravet akan "memiliki kesempatan lebih untuk mengobati ternak dan meningkatkan pendapatan" jika peternak memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia)dengan memiliki "ternak yang lebih sehat, peternak yang lebih puas dan penyakit zoonosis yang berkurang".

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/14/id

2015-02-15T10:07:48Z

Yusatya:

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu anda dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS serta menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memantau, mencegah, dan mengobati penyakit di wilayah kerja anda.

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T10:03:24Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS dan menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memonitor, mencegah dan mengobati penyakit di wilayah kerja Anda.

Meningkakan keterampilan dalam epidemiologi lapangan akan membatu masyarakat setempat dan juga meningkatkan pentingnya peran Anda di dalam masyarakat. Keuntungan-keuntungan tersebut termasuk;

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat yang lebih produktif. Peternak akan mendapatkan "hasil yang lebih baik dan meningkatkan kesejahteraan mereka secara umum dan finansial.
*Peningkatan apresiasi kepada dan kepercayaan atas pelayanan yang diberikan paravet akan membuat peternak meminta paravet setempat dengan lebih cepat dan lebih sering ketika mereka memiliki masalah kesehatan ternak. Paravet akan "memiliki kesempatan lebih untuk mengobati ternak dan meningkatkan pendapatan" jika peternak memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia)dengan memiliki "ternak yang lebih sehat, peternak yang lebih puas dan penyakit zoonosis yang berkurang".

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/13/id

2015-02-15T10:03:22Z

Yusatya:

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T10:01:41Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu Anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS dan menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memonitor, mencegah dan mengobati penyakit di wilayah kerja Anda.

Meningkakan keterampilan dalam epidemiologi lapangan akan membatu masyarakat setempat dan juga meningkatkan pentingnya peran Anda di dalam masyarakat. Keuntungan-keuntungan tersebut termasuk;

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat yang lebih produktif. Peternak akan mendapatkan "hasil yang lebih baik dan meningkatkan kesejahteraan mereka secara umum dan finansial.
*Peningkatan apresiasi kepada dan kepercayaan atas pelayanan yang diberikan paravet akan membuat peternak meminta paravet setempat dengan lebih cepat dan lebih sering ketika mereka memiliki masalah kesehatan ternak. Paravet akan "memiliki kesempatan lebih untuk mengobati ternak dan meningkatkan pendapatan" jika peternak memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia)dengan memiliki "ternak yang lebih sehat, peternak yang lebih puas dan penyakit zoonosis yang berkurang".

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/13/id

2015-02-15T10:01:39Z

Yusatya:

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu Anda memahami dengan lebih mendalam tentang bagaimana dan mengapa penyakit terjadi sehingga dapat membantu menghasilkan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai cara mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T09:58:28Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu Anda mendapatkan pemahaman yang lebih mendalam mengenai bagaimana dan mengapa penyakit terjadi dan ini akan membantu dalam memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai bagaimana mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS dan menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memonitor, mencegah dan mengobati penyakit di wilayah kerja Anda.

Meningkakan keterampilan dalam epidemiologi lapangan akan membatu masyarakat setempat dan juga meningkatkan pentingnya peran Anda di dalam masyarakat. Keuntungan-keuntungan tersebut termasuk;

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat yang lebih produktif. Peternak akan mendapatkan "hasil yang lebih baik dan meningkatkan kesejahteraan mereka secara umum dan finansial.
*Peningkatan apresiasi kepada dan kepercayaan atas pelayanan yang diberikan paravet akan membuat peternak meminta paravet setempat dengan lebih cepat dan lebih sering ketika mereka memiliki masalah kesehatan ternak. Paravet akan "memiliki kesempatan lebih untuk mengobati ternak dan meningkatkan pendapatan" jika peternak memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia)dengan memiliki "ternak yang lebih sehat, peternak yang lebih puas dan penyakit zoonosis yang berkurang".

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.

Translations:Basic Field Epi: Course Resource Book/12/id

2015-02-15T09:58:26Z

Yusatya:

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner "klinis" dan ''epidemiologi lapangan'' setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Basic Field Epi: Course Resource Book/id

2015-02-15T09:58:06Z

Yusatya:

<languages/>
= Gambaran Umum Epidemiologi Lapangan =
== Peran paravet ==
Paravet di Indonesia memberikan pelayanan kepada pemilik ternak untuk mendiagnosis, memberi pengobatan dan mencegah penyakit pada hewan. Pelayanan-pelayanan tersebut membantu meningkatkan kesehatan dan produksi ternak.

Paravet sering kali dipekerjakan oleh pemerintah daerah sebagai petugas kesehatan hewan kabupaten untuk membantu pelaksanaan beberapa kegiatan seperti investigasi penyakit, program pengendalian dan vaksinasi, pengumpulan data sensus, serta pelayanan pembibitan ternak.

iSIKHNAS adalah sistem informasi kesehatan hewan Indonesia. Keberhasilan iSIKHNAS bergantung pada kontribusi data oleh paravet ke dalam sistem iSIKHNAS. Dengan menggunakan pesan SMS yang sederhana, paravet dapat memasukkan informasi kesehatan hewan dengan cepat dan efisien dari lapangan. Sistem ini telah dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi pengumpulan data, serta membuat data tersedia dengan cepat bagi mereka yang mungkin membutuhkannya untuk membuat keputusan berbasis bukti yang benar. iSIKHNAS memungkinkan semua staf yang terkait dengan kesehatan hewan, termasuk paravet, untuk memberikan pelayanan yang lebih baik kepada pemilik ternak dan menghasilkan kontribusi yang lebih baik bagi masyarakat di sekitarnya.

Pelatihan ini dirancang untuk mendukung tugas paravet dan meningkatkan kepuasan atas pekerjaan yang mereka lakukan.

== What is field epidemiology ==
{{hlbox|'''''Epidemiology '''is the study of the patterns and causes of disease in groups of animals or populations.''

'''''Field epidemiology''' refers to applying epidemiology skills in the field - on farms and in day-to-day work to address real problems for livestock owners.''}}

Keterampilan epidemiologi lapangan sama pentingnya dengan keterampilan veteriner klinis pada saat menangani penyakit, baik pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan membantu paravet untuk menelaah melampaui hewan individual yang sakit serta mempertimbangkan pola dan penyebab penyakit pada populasi yang lebih luas. Pendekatan yang lebih luas ini akan membantu paravet untuk mengobati hewan individual yang sakit dengan lebih efektif dan memberikan saran yang lebih baik kepada peternak dalam rangka mengendalikan penyebaran penyakit, mencegah peningkatan angka kematian atau kesakitan, serta mengurangi gangguan kronis pada ternak.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga memungkinkan paravet untuk membantu peternak memahami ukuran produksi ternak (seperti peningkatan berat badan, produksi susu atau kesuburan) serta memahami penerapan manajemen peternakan dan hewan yang lebih baik dalam rangka meningkatkan produksi.

== Why epidemiological skills are useful to para-vets ==
{{hlbox|''Field epidemiology training will help para-veterinarians to:''

* ''Memahami penyebab penyakit pada tingkat populasi untuk menjelaskan mengapa penyakit muncul, bahkan ketika penyebab pastinya tidak begitu jelas.''
* ''Memberi saran yang lebih baik kepada peternak mengenai pengobatan dan pencegahan penyakit.''

Paravet menggunakan kombinasi keterampilan veteriner klinis dan "epidemiologi lapangan" setiap kali mendiagnosis, mengobati, dan mencegah penyakit pada hewan individual maupun kelompok hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu Anda mendapatkan pemahaman yang lebih mendalam mengenai bagaimana dan mengapa penyakit terjadi dan ini akan membantu dalam memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai bagaimana mengobati dan mencegah penyakit pada hewan.

Keterampilan epidemiologi lapangan juga akan membantu dalam memberikan data yang baik kepada iSIKHNAS dan menggunakan informasi iSIKHNAS untuk memonitor, mencegah dan mengobati penyakit di wilayah kerja Anda.

Meningkakan keterampilan dalam epidemiologi lapangan akan membatu masyarakat setempat dan juga meningkatkan pentingnya peran Anda di dalam masyarakat. Keuntungan-keuntungan tersebut termasuk;

*Pencegahan penyakit dan manajemen ternak yang lebih baik akan membuat hewan lebih sehat yang lebih produktif. Peternak akan mendapatkan "hasil yang lebih baik dan meningkatkan kesejahteraan mereka secara umum dan finansial.
*Peningkatan apresiasi kepada dan kepercayaan atas pelayanan yang diberikan paravet akan membuat peternak meminta paravet setempat dengan lebih cepat dan lebih sering ketika mereka memiliki masalah kesehatan ternak. Paravet akan "memiliki kesempatan lebih untuk mengobati ternak dan meningkatkan pendapatan" jika peternak memberitahukan ternak mereka yang sakit.
*desa/masyarakat akan lebih produktif dan lebih sehat (hewan dan manusia)dengan memiliki "ternak yang lebih sehat, peternak yang lebih puas dan penyakit zoonosis yang berkurang".

Penggunaan keterampilan yang lebih baik dalam investigasi penyakit, pengendalian penyakit, dan pelaporan yang lebih baik di tingkat lokal, kabupaten dan provinsi akan meningkatkan:
* identifikasi penyakit
* surveilans untuk keperluan penyakit lokal dengan beberapa informasikan akan tersedia sampai tingkat nasional
* informasi ke pemerintah untuk membantu dalam berbagi sumber daya untuk menurunkan penyakit (contohnya program vaksinasi) dan dampak penyakit di kabupaten atau provinsi
* ekonomi masyarakat mendapat manfaat dengan mempunyai ternak yang lebih sehat

Sebagai contoh keterampilan epidemiologi lapangan akan membantu di dalam situasi-situasi berikut ini:

* '''Menjelaskan dengan lebih baik mengapa penyakit yang sudah diketahui terjadi di suatu waktu atau tempat tertentu'''

Q: Mengapa anthrax terjadi di tempat atau waktu ini pada hewan-hewan ini?

* '''Mengidentifikasi pengobatan dan pencegahan'''

Q: Anthrax - Bagaimana saya dapat mencegah hewan agar tidak mati atau menjadi sakit?

* '''Menginvestigasi dan mencegah penyakit yang penyebabnya tidak diketahui atau dipahami dengan baik.'''

P: Saya tidak tahu penyakit apa ini, tetapi bagaimana saya dapat menghentikan hewan agar tidak mati atau menjadi lebih sakit?

* '''Jelaskan bagaimana dan mengapa penyakit muncul melalui pemahaman interaksi antara berbagai penyebab penyakit'''

Q: Mengapa selama musim hujan sapi-sapi saya selalu mengalami diare, tiga minggu setelah ternak tetangga saya sakit?

== Using epidemiology and clinical skills together ==
{{hlbox|''Clinical skills and laboratory tests are used to gather information from a single sick animal to diagnose the cause of the disease. ''

''Epidemiology gathers information from a group of animals (sick and healthy) to describe patterns which help us determine the possible causes of disease. ''}}

Pada tingkat individu hewan, kemampuan klinis veteriner digunakan untuk:

* Memeriksa hewan sakit
* Mengidentifikasi kondisi atau penyakit yang menyebabkan hewan sakit
* Melakukan pengobatan untuk menyembuhkan hewan

{{example|Di peternakan Budi, satu anak sapi mengalami bengkak pada pusarnya (tali pusar menempel pada anak sapi selama kehamilan). Anak sapi ini menjadi sakit dan berhenti minum. Pak Paimin, seorang paravet yang memeriksa anak sapi ini, menemukan bengkak di pusar itu, memotongnya untuk mengeluarkan nanah dan memberinya antibiotik. Anak sapi ini sembuh total.}}

Epidemiologi menerapkan satu pendekatan yang terstruktur untuk menginvestigasi penyakit dan penyebab penyakit dalam kelompok hewan (populasi). Pendekatan yang paling sering digunakan adalah dengan mengumpulkan informasi hewan yang tertular oleh penyakit dan hewan sejenis yang tidak tertular (hewan sakit dan hewan sehat). Informasi dari dua kelompok ini kemudian dibandingkan untuk melihat perbedaan yang menjelaskan mengapa beberapa hewan sakit dan yang lain tidak sakit.

Di peternakan Pak Soleh, ada banyak sapi betina dan banyak anak sapi yang lahir dalam satu musim. Tahun ini, sebagian besar anak sapi mengalami abses di bagian pusar. Pak Soleh ingin hewan-hewannya diobati sehingga mereka bisa sembuh dan ingin mengetahui mengapa banyak dari sapinya mengalami permasalahan tersebut tahun ini. Dia juga ingin mengetahui apa yang dapat dia lakukan untuk mencegah kejadian yang sama di tahun depan.

Paravet bernama Ibu Putri, mengujungi peternakan Pak Soleh. Dia menemukan bahwa semua anak sapi yang mengalami abses di bagian pusar lahir di halaman keil yang sangat kotor. Semua anak sapi yang lahir di di padang kecil di atas rumput dalam keadaan sehat.

Dia menyimpulkan anak sapi yang lahir di halaman yang kotor menjadi sakit karena lingkungan yang kotor membuat mereka terpapar oleh infeksi bakterial segera setelah kelahiran mereka. Dia menyarankan Pak Soleh bahwa membersihkan halaman untuk melahirkan di padang rumput yang bersih akan membantu untuk menurunkan risiko terkena abses di masa mendatang.

Alasan satu penyakit terjadi pada waktu, tempat tertentu dan hanya di beberapa hewan adalah karena ''penyebab untuk penyakit tersebut ada pada beberapa hewan, dan tidak ada pada yang lainnya''. Jika kita dapat memahami penyebabnya maka kita mungkin dapat mengubah praktik manajemen untuk mencegah penyakit.

Dokter hewan dan paravet yang baik perlu kemampuan klinis individu ''dan'' keterampilan epidemiologi lapangan untuk memberikan pelayanan terbaik kepada pemilik ternak.

Bahkan ketika penyakit tertentu diketaui dengan baik dan mudah didiagnosis, keterampilan epidemiologi lapangan membuat paravet memberikan saran yang lebih baik kepada peternak mengenai mengapa suatu penyakit dapat terjadi dan bagaimana peternak dapat mencegah penyakit tersebut pada hewan yang lain di peternakan sekarang atau di beberapa tahun ke depan.

Keterampilan epidemiologi lapangan sangat berguna ketika terjadi penyakit baru atau yang belum diketahui atau ketika penyebab penyakit tidak diketahui.

== Keterampilan Epidemiologis dapat membantu mencegah penyakit zoonosis ==
{{hlbox|'''''Zoonosis''' adalah penyakit hewan yang dapat menular pada manusia.''}}

Keterampilan epidemiologi membantu untuk memahami bagaimana penyakit zoonosis terjadi dan bagaimana mencegah baik hewan maupun manusia terpapar dan tertular. Terdapat beberapa penyakit zoonisis di Indonesia. Beberapa contoh mencakup:

* Rabies, brucellosis, Q-fever, leptospirosis, psittacosis, trichinosis, echinococcus, Japanese encephalitis, toxoplasmosis, salmonellosis, scabies, ringworm,virus Nipah virus dan lainnya.

Berikut ini merupakan rincian beberapa penyakit zoonosis yang lazim terjadi.

* '''Rabies''' - Rabies adalah penyakit yang disebabkan virus pada sistem syaraf pusat (otak dan tulang belakang). Paling sering disebabkan oleh gigitan atau cakaran dari hewan rabies. Manusia yang terinfeksi hampir selalu meninggal.
* '''Brucellosis''' - Brucellosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang dapat menyebabkan penyakit di berbagai macam hewan. Manusia menjadi terinfeksi jika kontak dengan hewan atau produk hewan yang terkontaminasi bakteri ''Brucella''.
* '''Q fever''' - Q fever adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteria ''Coxiella burnetii''. Q fever pada umumnya menyerang sapi, domba dan kambing. Penularan pada manusia yang paling umum akibat kontak dengan materi biologi dari hewan terinfeksi seperti darah, jaringan, plasenta dan cairan saat melahirkan.
* '''Leptospirosis''' - Leptospirosis adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang menyerang hewan dan manusia. Leptospirosis menyebabkan gejala yang beragam pada manusia.
* '''Psittacosis''' - juga dikenal dengan parrot fever dan ornithosis - adalah penyakit yang disebabkan oleh bakteri yang disebabkan oleh ''Chlamydia psittaci,'' berbagai spesies burung dapat terinfeksi dan menyebarkan penyakit ini. Pada manusia dapat menyebabkan pneumonia yang parah dan masalah kesehatan yang serius lainnya.
* '''Trichinosis''' - disebut juga trichinellosis adalah penyakit parasit yang ditularkan pada manusia degan memakan daging mentah dan tidak matang dari hewan yang terinfeksi larva trichinella worm. Infeksi oleh trichinella lazim terjadi pada hewan karnivora (pemakan daging) liat tetapi bisa juga terjadi pada babi.

=Tanda, sindroma dan diagnosa=
==Dampak penyakit terhadap kesehatan hewan dan produksi==
{{hlbox|''Penyakit pada hewan sering menimbulkan penurunan kesehatan dan produksi dan dapat menyebabkan kematian.''}}

Ternak biasanya dipelihara untuk produksi daging, susu, kulit, telur, pupuk, dan anakan (anak sapi, anak ayam, dsb). Ternak yang sehat lebih produktif daripada hewan yang sakit.

Beberapa penyakit menyebabkan hewan berubah perilaku dan terlihat sakit. Beberapa hewan yang sakit dapat mati dan dapat pula sembuh. Mudah untuk mengetahui hewan yang sakit parah karena penyakit.

namun, kadang-kadang sulit untuk mengetahui apakah hewan sakit atau tidak. Mereka dapat menunjukan tanda-tanda ketidaknormalan yang jelas. Itulah mengapa penting bagi para peternak untuk sering memperhatikan (memonitor) hewan mereka.

Hewan yang sakit dapat kelihangan nafsu makan beberapa saat dan kehilangan berat badan. Kadang-kadang hewan terlihat normal tetapi mengalami penurunan produksi (turun berat badan, infertilitas, keguguran, penurunan produksi telur). Beberapa penyakit meyebabkan penurunan produksi pada hewan.

Banyak hal lain selain penyakit infeksius yang dapat menyebabkan produksi yang buruk pada hewan. Sebagai contoh termasuk hewan yang diberi pakan berkualitas rendah, tidak diberi makan cukup, atau makanan dan air yang tidak dimakan.

Keterampilan epidemiologi dan kemampuan klinis perlu digunakan ketika menginvestigasi performa yang buruk pada ternak. Investigator yang baik akan dapat mengetahui apakah produksi yang buruk atau kesehatan yang buruk disebabkan oleh penyakit infeksius atau atau oleh penyebab lainnya seperti pakan yang buruk.

{{example|Yesterday Budi reported to his local Pelsa that one of his cows was lame. The Pelsa sent a General Signs report (Tanda Umum using the U message) to iSIKHNAS.

Pak Paimin (paravet) menerima notifikasi dari iSIKHNAS dan berbicara dengan Budi. Budi mengatakan kepada Pak Paimin bahwa satu sapinya pincang dan sudah berlangsung beberapa minggu sekarang. Sapi tersebut kurus dan anaknya lemah. Juga ada 2 sapi lainnya yang terkena diare.

Pak Paimin mendengarkan Pak Budi menceritakan sapinya yang pincang dan membuat beberapa daftar kemungkinan penyebabnya (diagnosis banding) untuk situasi ini. Daftar tersebut mencakup: luka, abses, penyakit infeksius (brucellosis, black leg, dsb.), atau trauma (patah kaki).

2 sapi yang terkena diare mungkin sakit disebabkan oleh parasit,terlalu banyak biji-bijian, infeski bakterial, atau penyakit liver akibat keracunan. Penyakit-penyakit tersebut adalah diagnosa banding untuk diarea pada sapi.

Pak Paimin decides to conduct a farm visit to get more information to narrow down the list.}}

== Tanda-tanda penyakit ==
{{hlbox|'''''Tanda''' adalah perubahan pada hewan yang disebabkan oleh penyakit dan dapat dideteksi oleh manusia. ''}}

Banyak penyakit yang membuat hewan sakit, demam dan tidak mau makan atau minum untuk beberapa waktu. Beberapa tanda penyakit mudah diobservasi oleh manusia. Peternak yang tau hewannya dengan baik akan dapat mendeteksi perubahan kecil pada perilaku yang mengindikasikan bahwa mungkin hewannya sakit. Ini akan membantu mereka mendapat bantuan dari paravet sebelumnya kasusnya menjadi sangat serius.

Akan mudah untuk melihat tanda-tanda dari beberapa penyakit, tetapi sulit untuk melihat tanda-tanda dari penyakit lainnya.

* Tanda-tanda penyakit yang mudah dilihat adalah pincang, batuk, diare, penurunan berat badan yang drastis dan kematian.
* Tanda-tanda penyakit yang lebih sulit untuk dilihat adalah infertilitas dan penambahan berat yang berkurang atau penurunan produksi susu.

Kebanyakan tanda memberikan indikasi bagian dari tubuh mana dan sistim tubuh mana yang berubah akibat penyakit.

Sebagai contoh:

* Diare mengindikasikan penyakit yang mempengaruhi kerja usus atau penyerapan (sistem pencernaan). Ada banyak penyakit yang dapat menyebabkan diare.
* Batuk dan sulit bernafas mengindikasikan penyakit paru-paru atau saluran udara (sistem respiratori)
* Leleran air liur dari mulut mengindikasikan ketidakmampuan menelan baik karena penyakit sistem syaraf, atau tersedak pada tenggorokan, atau meningkatnya produksi saliva
* Kepincangan dapat mengindikasikan sakit atau cidera yang mempengaruhi kaki, tulang belakang atau otak

Petugas teknis dilatih untuk melakukan pemeriksaan klinis pada hewan yang sakit, untuk melihat '''''tanda-tanda ''''' yang mengindikasikan bahwa hewan tersebut mungkin sakit. Termasuk juga perubahan-perubahan berikut:
* Denyut jantung
* Denyut nadi
* Frekuensi pernafasan
* Suara pernafasan
* Suara perut
* Warna membran mukosa.

Waktu yang dibutuhkan oleh tanda-tanda penyakit untuk berkembang bervariasi tergantung pada jenis penyakit menularnya. Oleh karena itu, waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi seekor hewan juga bervariasi.

{{example|For example:
* Anthrax dan haemorrhagic septicaemia adalah penyakit yang berkembang dengan sangat cepat dan menimbulkan tanda-tanda klinis yang parah atau kematian.
* Papilloma virus (menyebabkan kutil pada kulit sapi)adalah penyakit yang menimbulkan tanda-tanda ringan pada hewan dan dampak kecil pada kesehatan dan produktivitas.
* Bovine Johnes disease (BJD) adalah penyakit yang berkembang dengan sangat lambat, menyebabkan diare akut dan kekurusan pada sapi yang berumur lebih tua. Diperlukan waktu yang lama untuk BJD menimbulkan dampak serius, sapi terinfeksi ketika mereka sangat muda tetapi tidak menunjukan tanda-tanda sampai mereka berumur lebih tua. BJD menimbulkan tanda-tanda yang sama karena sapi terkena infeksi intestinal worm infection.}}

Kadang-kadang hewan menunjukkan tanda-tanda, seperti penurunan berat badan, yang mungkin disebabkan oleh hal-hal lain kecuali penyakit menular, seperti misalnya cidera (patah rahang), masalah-masalah dengan gigi atau bahkan karena kurang makan.

iSIKHNAS telah mengembangkan daftar tanda-tanda umum dan kode untuk membuat pelaporan tanda-tanda lebih mudah dan lebih konsisten. Pelsa, paravet dan dokter hewan memainkan peran yang vital dalam identifikasi, pelaporan dan pengobatan tanda-tanda tersebut.

'''Daftar tanda-tanda yang dilaporkan ke iSIKHNAS dan kode-kodenya'''
{{#apGetSQL:select code,
case when array_length(hiersort(hiercode),1)=1 then
format('%s',hierindent(name[2],hiercode, true))
else hierindent(name[2],hiercode, true) end
from signs
where not del
order by hiersort(hiercode)|Code,Sign}}

== Sindrom ==
{{hlbox|'''''Sindrom''' mengacu pada satu tanda khusus atau sekelompok tanda yang dapat dengan mudah dikenali dan mungkin mengindikasikan penyakit penting tertentu.''}}

Sebagai contoh, sindrom pernapasan mungkin didefinisikan sebagai hewan apa pun yang menunjukkan satu atau banyak dari tanda-tanda klinis berikut: batuk, kesulitan bernapas, leleran hidung, tingkat pernapasan yang meningkat, dan sebagainya.

Sindrom digunakan untuk mengidentifikasi hewan yang ''mungkin'' terkena penyakit penting tertentu.

{{example|For example:

Rabies adalah penyakit penting. Tidak mustahil untuk mendiagnosis rabies secara pasti pada anjing hidup (atau hewan apapun). Diagnosis definitif untuk rabies hanya dapat terjadi ketika otak atau jaringan lain diuji oleh ahli pathologi setelah hewan telah mati atau dibunuh.

Namun, banyak anjing yang terinfeksi rabies akan menunjukan perubahan perilaku â€“ menjadi lebih agresif, menunjukan tetesan liur dari mulut dan sangat mungkin menyerang dan menggigit hewan lain dan manusia.Beberapa anjing menunjukan tanda-tanda ini walaupun tidak terinfeksi rabies â€“ hanya karena sifat anjing tersebut agresif atau meteskan liur karena ada sesuatu yang mengganjal di mulut atau tenggorokan mereka.

Kita menggunakan sindrom perubahan dalam perilaku (agresi, menggigit, air liur, depresi) sebagai cara untuk mengidentifikasi anjing yang mungkin terkena rabies. Anjing yang menunjukkan tanda-tanda ini dapat diisolasi dan diawasi untuk melihat apakah anjing-anjing tersebut terus menunjukan tanda-tanda yang mengarah rabies dan anjing-anjing tersebut dapat dibunuh atau dikirim untuk post mortem untuk pengujian rabies.

Beberapa sindrom berhubungan pada satu penyakit sehingga ketika hewan menunjukkan tanda-tanda khusus tersebut sangat mungkin hewan ini terkena penyakit rabies. Contoh-contoh termasuk rabies ( seperti dijelaskan di atas ) atau kematian mendadak dengan darah dari lubang kumlah (kemungkinan antraks).

Sindrom sering digunakan dalam program pengendalian penyakit untuk penyakit yang penting untuk memastikan penyakit-penyakit itu teridentifikasi ketika muncul. Pemilik ternak dan petugas kesehatan hewan didorong untuk memeriksa hewan dengan sindrom-sindrom yang sudah pasti. Hewan yang menunjukkan tanda-tanda tersebut dapat diperiksa dengan lebih hati-hati atau diambil sampelnya untuk uji laboratorium untuk mendiagnosa penyakit. Beberapa hewan akan terbukti tidak terkena penyakit tersebut. Jika penyakit penting ini dikonfirmasi maka kegiatan-kegiatan pengendalian penyakit lainnya mungkin perlu dilaksanakan.

iSIKHNAS mengunakan sindrom yang luas, karena penyakit yang dimaksud sangat penting dan kita tidak ingin melewatkan satu kasus sekalipun. Pelapor desa (pelsa) dan paravets harus melaporkan setiap kasus dugaan penyakit prioritas. Hal yang penting adalah kita tetap waspada pada ancaman penyakit-penyakit ini. Sebagian besar laporan prioritas akan berakhir dengan satu diagnosis yang bukan merupakan penyakit prioritas. Walaupun demikian sangat penting untuk tetap melaporkan sindrom prioritas (mengunakan pesan laporan SMS P) dan biarkan dokter hewan melakukan investigasi lebih menyeluruh.

'''List of iSIKHNAS priority syndromes'''
{{#apGetSQL:select s.code, s.name[2], s.description[2], splist as Spesies
from syndromes s
join (
select synid, string_agg(sp.name[2],', ') as splist from (
select id as synid, unnest(targetspeciesid) as spid from syndromes
) as foo
join species sp on sp.id = spid
group by synid
) as bar on synid = s.id
order by Code,Name[2],Description[2]|code, Name, Description, Species}}

* '''MMU - Peningkatan tiba-tiba kematian pada ayam dan unggas lain'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasikan kasus '''Avian Influenza'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : Newcastle disease, infectious laryngotracheitis, dan duck plague.
** Penyebab non-infeksius termasuk: keracunan akut.

* '''KGS - Aborsi pada trisemeter ketiga atau bengkak pada persendian pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Brucellosis'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan gejala ini termasuk : banyak infeksi yang disebabkan bakteri dan virus dapat menyebabkan aborsi dan persendian bengkak.
** Penyebab non-infeksius lain sindrom ini termasuk : kondisi genetik, paparan terhadap racun, dan pemberian beberapa obat.

* '''MTD - Mati mendadak dengan darah dari lubang kumlah pada sapi'''
** sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Anthrax'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menunjukan sindrom ini termasuk : blackleg dan leptospirosis.
** Penyebab non-infeksius termasuk tersambar petir, keracunan metal, hypo-magnesia dan kembung.

* '''PLL - pincang, liur berlebih, lepuh pada mulut /kaki / puting pada sapi'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus this '''Penyakit Kuku dan Mulut'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : vesicular stomatitis, bluetongue, bovine herpesvirus, malignant catarrhal fever, pestivirus, mycotic stomatitis, dan rinderpest.

* '''GGA - Perubahan perilaku, agresi atau depresi meningkat, hyper-salivasi, dan meggigit pada anjing'''
** sindrom ini mencoba untuk mengidentifikasi kasus '''Rabies'''
** Penyakit infeksius lain yang dapat menyebabkan sindrom ini termasuk : canine distemper, Aujesky's disease, dan penyakit infeksius lain yang melibatkan otak.
** Penyebab non-infeksius termasuk - neoplasia, trauma, tertelan benda asing dan keracunan.

* '''DMB - demam tinggi, conjunctivitis, dan peningkatan mortalitas pada babi'''
** Sindrom ini mencoba mengidentifikasi kasus '''Classical Swine Fever'''
** Penyakit infeksius lain yang menyebabkan sindrom ini termasuk : African swine fever virus, dan banyak infeksi dari bakteri dan virus lainya. and
** Penyebab non-infeksius termasuk paparan terhadap racun seperti anticoagulant.

== Diagnosa banding ==
{{hlbox|''Sebuah '''diagnosa banding''' adalah penyakit yang dapat menimbulkan tanda-tanda klinis yang telah diamati. Seringkali ada lebih dari satu penyakit yang menyebabkan tanda-tanda yang sama. Saat memeriksa hewan sakit, biasanya disusun satu daftar diagnosa banding dari penyakit-penyakit yang mungkin menyebabkan hewan sakit.''}}

Biasanya penyakit-penyakit didaftar sesuai urutan dari yang''besar kemungkinan'' sampai ''kecil kemungkinan''.

{{example|Ada 2 sapi diare di peternakan Budi. Pak Paimin dapat membuat daftar penyakit yang memiliki tanda-tanda klinis tersebut.
* Parasit (cacing, coccidia, liver fluke)
* Konsumsi biji-bijian yang berlebihan
* Keracunan
* Infeksi salmonella di perut (bakteri)
* Infeksi penyakit Johne (bakteri)
* Infeksi virus Bovine (virus)
* Rumput berembun yang segar}}

Investigasi penyakit kemudian dilakukan untuk mencoba dan menentukan penyakit mana yang paling tidak menyebabkan tanda-tanda tersebut dan mana yang lebih mungkin. Proses ini akan mengerucut pada daftar yang lebih pendek dan kadang-kadang satu diagnosis banding.

== Diagnosis definitif ==

{{hlbox|''Sebuah '''diagnosis definitif''' didapat jika dokter hewan yakin ada satu penyakit yang paling mungkin menyebabkan hewan sakit. Dokter hewan memanfaatkan semua informasi diagnostik yang ada(termasuk informasi riwayat, klinis, lingkungan, informasi laboratorium dan epidemiologis).''}}

Sering kali paravet harus melakukan investigasi penyakit sebelum mendapatkan diagnosis definitif. Hal ini termasuk pengumpulan sampel dari hewan yang tertular (dan yang mungkin tidak tertular)untuk pengujian laboratorium.

= Investigasi penyakit =
== Pendekatan untuk investigasi penyakit ==
Investigasi penyakit biasanya dimulai karena seorang peternak khawatir satu hewan atau lebih menunjukkan tanda-tanda tidak wajar atau mati. Bagian pertama dari investigasi penyakit terdiri dari empat kegiatan. Kegiatan ini memadukan keahlian epidemiologi lapangan dan kemampuan veteriner klinis.

# '''Membuat riwayat penyakit yang baik'''
# '''Pengamatan klinis hewan sakit'''
# '''Pemeriksaan lingkungan'''
# '''Mengumpulkan sampel untuk pengujian laboratorium'''

===Membuat riwayat penyakit yang baik===
Untuk mengetahui apa tang terjadi pada periode sebelum penyakit diketahui, paravet perlu berbicara perlahan-lahan dengan peternak mengenai hewannya dan bagaimana dia memelihara ternaknya tersebut. Membuat catatan riwayat hewan adalah seni; memerlukan diplomasi, menggunakan bahasa tidak teknis, dan hubungan yang baik dengan peternak. Pembuatan catatan riwayat hewan mencakup mengumpulan informasi mengenai:

* Hewan: Spesies, jenis (breed), jenis kelamin, umur, indentifikasi hewan yang terkena
* Masalah: tanda-tanda klinis, perkembangan tanda-tanda dari waktu ke waktu, jumlah hewan yang tertular
* Pengobatan yang diberikan oleh peternak
* Kandang dan pakan: tempat hewan dipelihara dan akses ke pakan dan air
* Hewan lain yang ada di peternakan
* Kejadian-kejadian baru yang mungkin berhubungan(lalu lintas hewan keluar masuk peternakan, banjir, pengobatan kimiawi untuk tanaman, atau pemakaian bahan kimia di lingkungan peternakan)

{{contoh|Pak Paimin menanyakan pada Budi tentang riwayat dua sapinya yang terkena diare. Budi mengatakan kedua sapinya adalah Sapi Bali berumur 2 tahun dan keduaya dipisahkan dari sapi yang lain karena mereka tidak memiliki pedet. Budi memberi obat cacing pada semua sapinya 3 minggu yang lalu. Dia tidak memberi pakan pada 2 sapi kecuali rumput pendek yang ada di padang rumput kecil di dekat kandang. Tetangganya tidak memelihara sapi. }}

=== Pemeriksaan klinis sapi yang sakit===

Pemeriksaan dasar hewan sakit terdiri dari:
* Gambaran secara umum
** Nilai kondisi tubuh hewan
** bengkak/benjolan
** terlihat sehat, depresi, kusam
** pemeriksaan kotoran atau urin yang ada di atas tanah
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru
* detak jantung
* Denyut nadi dan kekuatan denyut nadi
* Suhu tubuh hewan
* warna membran mukus
* laju pengisian kapiler (<2 detik)
* Bunyi gastro intestinal
* Palpasi limpodones, kulit, sendi,abdomen,

Ada alasan untuk melakukan pemeriksaan lebih jauh terhadap beberapa masalah seperti:
* pemeriksaan rektal (pemeriksaan kebuntingan pada sapi)
* inspesi mulut
* investigasi lebih lanjut pada tanda-tanda tidak normal apapun yang teramati

Semua hasil pengamatan harus dicatat. Setelah pemeriksaan klinis selesai paravet dapat mempertimbangkan tanda-tanda penyakit yang terlihat dan interpretasinya dengan riwayat yang sudah dikumpulkan untuk memutuskan penyakit mana yang mungkin menyebabkan persoalan (daftar diagnosis banding).

Jika ternak mati, pemeriksaan post mortem harus dilakukan untuk mencari perubahan-perubahan yang mungkin menunjukkan kemungkinan penyakit yang bisa ditambahkan dalam daftar diagnosis banding.

{{example|Pak Paimin examines Budi's 2 cows that have diarrhoea. He looks at them and they both look a little weak, their eyes are sunken and they are depressed. From a distance they have very watery diarrhoea.

Pak Paimin memakai sarung tangannya dan memeriksa kedua hewan dari dekat. Hasil keseluruhan pemeriksaan klinis dari kedua hewan serupa. Pak Paimin mencatat di buku hariannya:

* sedikit peningkatan detak jantung
* denyut nadi sama dengan detak jantung, kuat
* frekuensi pernapasan dan bunyi paru normal
* gusi merah muda tetapi lengket dan waktu pengisian kapiler > 2 detik - pelan
* suhu meningkat di atas normal - 39,8; 40,1
* kulit tidak kembali jika dicubit - dehidrasi
* mencret, bau busuk dan berdarah dan luruhan usus

Pak Paimin explains to Budi that most of the clinical signs he can see are caused by dehydration which is secondary to the diarrhoea. The diarrhoea is causing the cows to lose a lot of water from their bodies. The animals are systemically ill (fever and depression).

When Pak Paimin finished looking at the animals he cleaned up, washed his hands, and started looking around the farm.}}

===Pemeriksaan lingkungan===

Pemeriksaan lingkungan tempat pemeliharaan hewan merupakan bagian penting dari pemeriksaan klinis tahap awal. Manfaat pemeriksaan lingkungan bagi tenaga medis veteriner didasarkan pada pemahaman bahwa suatu penyakit dapat disebabkan oleh berbagai kemungkinan. Setiap kemungkinan tersebut mempengaruhi apakah penyakit dapat muncul pada hewan atau populasi tertentu.

Untuk hewan yang dipelihara '''di luar''' akan berguna jika mempertimbangkan:
* Lingkungan mereka - tanah dan padang rumput yang ada dan bagaimana sumber air?
* Apakah ada area berlumpur(rawa), air mengalir deras atau perbukitan tajam?
* Satwa liar apa yang ada di area tersebut dan apakah mereka dapat membawa penyakit yang menulari ternak?
* Apakah kandang cukup menahan angin dan melindungi dari hujan atau sinar matahari?
* Apakah terdapat cukup suplai makanan untu hewan yang ada?
* Apakah ada cukup bukti yang menunjukan adanya akses hewan terkena racun(tempat sampah, daerah industri, bahan kimia pertanian)?
* Apakah ada bukti terlalu banyak jumlah hewan yang dapat menyebabkan stres, kontaminasi lingkungan dan peningkatan risiko penyakit?

Hal-hal berikut ini perlu dipertimbangkan untuk hewan-hewan yang dipelihara di "tempat tertutup":
* Jenis lantai
* Ventilasi
* Kualitas udara
* Tingkat kepadatan
* Alas kandang
* Kebersihan secara umum

Penting juga untuk memeriksa persediaan pakan dan air secara khusus untuk memastikan hewan-hewan mendapatkan cukup pakan dan air dengan kualitas yang memadai.

Kemampuan dokter hewan dan paravet dalam menilai dan menginterpretasi informasi yang dikumpulkan selama pemeriksaan lingkungan didasarkan pada pemahaman mengenai berbagai kemungkinan penyebab penyakit.

{{example|Pak Paimin mengamati lingkungan di sekitar peternakan Budi sambil mengajukan beberapa pertanyaan. Dia melihat bahwa sapi-sapi dan anak-anaknya dipelihara di padang gembala yang baik dan Budi juga memberikan tambahan pakan. Ia menemukan bahwa kedua sapi yang sakit tersebut dipelihara di kandang di mana satu-satunya tempat air adalah sebuah saluran pembuangan. Saluran ini membawa air limbah dari kandang-kandang lain, termasuk kandang yang digunakan untuk memelihara anak sapi yang sakit. Budi mengatakan bahwa dia diberi seekor anak sapi yang telah lama sakit; saat ini anak sapi tersebut masih hidup dan telah menjadi semacam peliharaan.}}

===Pengambilan sampel untuk uji laboratorium===

Kombinasi riwayat hewan, pemeriksaan klinis, dan pemeriksaan lingkungan kerap kali dapat menghasilkan suatu diagnosis atau daftar diagnosis banding.

Kadang kala pengambilan sampel untuk uji laboratorium dapat membantu. Sampel untuk uji laboratorium dapat diambil dari hewan-hewan yang tertular, dan terkadang juga dari hewan yang sehat. Jenis sampel yang umumnya diambil antara lain:
* Darah atau serum
* Kotoran
* Air susu
* Urin

Apabila seekor hewan atau lebih telah mati atau sakit parah, pemeriksaan post mortem dan pengambilan sampel tambahan dapat bermanfaat; ini juga mencakup sampel jaringan untuk diuji di laboratorium. Laboratorium perlu memberikan informasi mengenai cara pengambilan dan pengiriman sampel untuk memperoleh hasil terbaik.

{{example|Pak Paimin menyimpan 2 sarung tangan yang digunakannya pada saat melakukan pemeriksaan rektal pada sapi. Dia mendapat cukup banyak kotoran sapi yang dapat dikirim ke laboratorium. Setelah melakukan pemeriksaan lingkungan, ia juga memutuskan untuk mengambil beberapa sampel darah untuk dikirim ke laboratorium.}}

== Membuat daftar diagnosis banding ==
Temuan-temuan dari kegiatan investigasi dapat mengidentifikasikan tanda-tanda atau sindrom yang muncul pada hewan yang tertular serta membuat daftar diagnosis banding.

Diagnosis penyakit yang benar pada individu hewan sering kali memerlukan kemampuan klinis dan mungkin memerlukan pengujian laboratorium dan/atau pengujian patologi material post mortem .

Sering kali Anda akan mulai membuat daftar diagnosis banding ketika berbicara dengan peternak mengenai hewannya yang sakit. Setiap kali keempat langkah pengujian dilakukan, daftar diagnosis banding harus ditinjau ulang dan diubah berdasarkan informasi baru atau temuan dari pengujian apapun.

{{example|For example:

You find out that the affected animals are all young cows having their first or second calf, and that these cows are aborting dead calves. Knowing this may immediately narrow your list of possible diagnoses to one of several diseases capable of causing abortion in cattle.
Using the findings from the clinical examination to determine what body systems that may be affected is usually helpful. }}

{{example|For example:

If the affected animal is a lactating cow and she has a fever and a swollen, hot, painful udder with abnormal milk (foul smelling, watery fluid) present in two quarters and no other abnormal signs. Then the affected body system is the udder and the cow is likely to be suffering from mastitis.}}

Seiring berjalannya proses pemeriksaan, informasi baru yang terkumpul dapat digunakan untuk meningkatkan pemahaman kita mengenai sistem tubuh yang terpengaruh beserta kemungkinan penyebabnya. Setiap potongan informasi baru dapat membantu pembuatan daftar diagnosis banding Anda. Dalam kebanyakan kasus, informasi baru dapat membantu menambah atau mengurangi jumlah penyakit dalam daftar tersebut.

Uji laboratorium perlu digunakan dan diinterpretasikan dengan hati-hati. Pengujian laboratorium dapat memakan waktu dan biaya sedangkan kontribusinya belum tentu bermanfaat untuk diagnosis dan manajemen penyakit pada hewan.

{{example|Pak Paimin has been thinking all the time what the list of possible causes could be. He started with a long list in his head and he even included the possibility this could be a new disease that no one had seen before.

Seiring investigasi yang dilakukannya, dia mulai mencoret beberapa hal dari daftar tersebut atau mengurangi daftar kemungkinannya. Dalam kasus ini, Pak Paimin mengesampingkan keracunan karena ia tidak menemukan tanda-tanda dari riwayat hewan maupun temuan di peternakan yang mengindikasikan adanya tumbuhan maupun bahan kimia beracun. Berdasarkan pembicaraan dengan Budi, ia juga mengesampingkan kemungkinan pemberian dosis obat cacing yang berlebihan pada kedua sapi tersebut.

Tidak ada bukti yang menunjukkan bahwa sapi-sapi tersebut telah memakan biji-bijian dalam jumlah besar sedangkan rumput yang mereka makan tidak berembun dan hijau. Hal ini mencoret dua diagnosis banding tersebut.

Jadi, diagnosis banding Pak Paimin berisi;
* Bacterial enteritis - Salmonella, E-coli (besar kemungkinan)
* Bovine Viral Diarrhoea Virus
* Parasites (kecil kemungkinan)

Kedua ekor sapi yang mengalami diare tersebut juga mengalami demam dengan diare berbau yang mengandung darah serta bagian dari lemak usus. Temuan-temuan ini memperkuat indikasi infeksi bakteri salmonella yang dapat menimbulkan diare dan infeksi sistemik.

Sebelum meninggalkan peternakan Budi, Pak Paimin mengirim laporan Respon, Laboratorium, dan Pengobatan ke sistem iSIKHNAS melalui telepon genggamnya.

Pak Paimin belum 100% meyakini diagnosis tersebut tetapi dia cukup yakin bahwa penyakit yang membuat sapi-sapi itu sakit disebabkan oleh infeksi bakteri penyebab enteritis.

Pak Paimin mengobati kedua sapi tersebut dengan antibiotik spektrum luas dan menggunakan keahlian epidemiologi, memberi saran Budi mengenai beberapa alasan yang mungkin mengapa penyakit tersebut terjadi dan bagimana mengendalikannya di masa mendatang. Pak Paimin tahu penyakit ini dapat menular ke manusia dan menyarankan Budi untuk memperhatikan kebersihan umum (mencuci tangan) setelah memegang sapi. Sering kali sapi dapat terkena penyakit ini setelah beberapa kejadian yang membuat stres seperti melahirkan atau setelah memakan pakan yang terkontaminasi fese dari hewan lain. Pak Paimin menyarankan Budi untuk memeriksa apakah ternaknya memakan pakan dan air yang bersih dan hewan yang dia beli di masa mendatang harus dari orang yang terpercaya yang memasok hewan sehat. Semua strategi ini melibatkan pemahaman luas mengenai bahagaimana perilaky salmonellosis pada populasi sapi dan akan membantu Budi mengurangi risiko terjadi salmonellosis lagi di masa mendatang.

The 2 sick cows should be separated from other healthy animals on the farm. All healthy cows are to be kept higher up steam along the drain line than the 2 sick cows and the calf.}}

Contoh di atas menggambarkan bagaimana sebuah kegiatan investigasi penyakit dapat dimulai dari laporan satu sapi atau lebih yang sakit, kemudian dilanjutkan dengan investigasi yang diakhiri dengan diagnosis dan pengobatan hewan yang tertular; paravet juga perlu memberikan saran kepada peternak mengenai cara mencegah penularan ke hewan yang lain, menghindari munculnya penyakit tersebut di kemudian hari, dan menghindari penularan penyakit zoonotik ke manusia.

Informasi lebih lanjut dapat dilihat pada bagian selanjutnya mengenai penerapan pengetahuan dan keahlian epidemiologi dalam melakukan investigasi dan manajemen penyakit pada hewan.

= Penyebab penyakit =
{{hlbox|''Suatu '''penyebab''' adalah segala hal yang dapat mempengaruhi kemunculan penyakit pada seekor hewan atau lebih.''}}

Ketika terjadi penyakit pada hewan, hampir selalu terdapat beberapa hewan yang tertular, dan yang lain tidak. Hanya ada sejumlah kecil penyakit yang sangat menular sehingga dapat membuat hampir seluruh hewan tertular dan sakit. Namun, jarang terjadi.

Penyebab penyakit dapat meliputi banyak hal. Penyakit-penyakit menular biasanya memiliki agen infeksius sebagai salah satu penyebab. Sebagai contoh, virus rabies merupakan agen penular penyakit rabies. Untuk penyakit yang hanya memiliki satu penyebab penularan, kita dapat merasa yakin bahwa penyakit tersebut tidak akan muncul apabila "tidak ada" agen penularannya. TETAPI, terpaparnya seekor hewan oleh agen penular tidak berarti suatu penyakit ''pasti'' akan muncul.

Kerap kali diperlukan sejumlah penyebab yang muncul bersama-sama sebelum hewan dapat terkena penyakit.

{{example|For example:
When one dog bites another dog there is a chance that the second dog might develop rabies. The likelihood of rabies occurring is much higher if the first dog:
* is infected with rabies
* is shedding rabies virus in its saliva
* the bite causes a break in the skin and the rabies virus can get into the tissues of the second dog

If the first dog is not shedding virus in its saliva then the bite may not cause rabies. If the bite does not break the skin then the virus may not get into the tissues of the second dog and it may not develop rabies. If the second dog is vaccinated against rabies then it may not develop rabies even if bitten by a rabid dog.}}

Pengetahuan mengenai penyebab penyakit dan '' bagaimana cara" penularannya merupakan hal yang penting. Pengetahuan ini dapat digunakan dalam pengendalian penyakit untuk memilih langkah pencegahan yang tepat dalam rangka mengurangi resiko munculnya penyakit.

Dalam rangka investigasi penyakit di suatu populasi, kita perlu memahami bagaimana penyebab penyakit yang berbeda dapat saling mempengaruhi jika terjadi penyakit.

{{hlbox|''Penyakit dapat terjadi jika terdapat penyebab di "lingkungan, inang dan agen''}}

[[Image:Host_agent_environment.jpg|Environment, host and agent interaction]]

'''Inang''' merujuk pada hewan yang dapat tertular penyakit. Inang (hewan) memiliki berbagai karakteristik yang dapat mempengaruhi muncul atau tidaknya penyakit. Sebagai contoh, beberapa penyakit hanya terjadi pada hewan muda sedangkan yang lain hanya terjadi pada yang lebih tua. Misalnya kebuntingan dan keguguran yang hanya dapat terjadi pada hewan betina. Status vaksinasi hewan juga dapat mempengaruhi risiko terkena penyakit.

*Pinkeye lebih umum terjadi pada sapi yang lebih muda karena biasanya mereka belum terpapar ''Moraxella bovis, '' bakteri yang terlibat dalam terjadinya pinkeye. Kurangnya paparan pada sapi muda berarti mereka mempunyai immunitas yang lebih rendah terhadap bakteri ini dan karena itu berisiko lebih tinggi dibandingkan sapi yang lebih tua terkena penyakit ini.'' ''

*Pinkeye lebih umum pada hewan dengan karakteristik fisik mata lebih keluar (menonjol) dibandingkan hewan lain. Karakteristik ini dapat merupakan bawaan dan berhubungan dengan pejantan atau breed tertentu.

'''Agen''' merujuk pada agen penular tertentu yang menyebabkan penyakit: virus, bakteri, jamur, parasit, atau mikroba lainnya. Strain yang berbeda dari bakteri atau virus yang sama dapat menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau justru tidak menimbulkan penyakit sama sekali. Terdapat bermacam-macam agen penular dan sub-tipe atau strain yang berbeda, masing-masing dapat memiliki kemampuan menimbulkan penyakit yang berlainan. Kadang kala penyebab penyakit yang tidak menular juga digolongkan sebagai agen, misalnya unsur timah atau toksin tumbuhan yang dapat menimbulkan keracunan tanaman.

*Beberapa strain avian influenza tidak menyebabkan tingkat mortilitas tinggi, sedangkan yang lain menyebabkan mortilitas tinggi.

*Beberapa strain ''Moraxella bovis'' (agen penular penyebab pinkeye pada sapi) membuat toxin yang lebih kuat dan menyebabkan penyakit mata parah dibandingkan strain lain.

{{hlbox|'''Lingkungan'' '' merujuk pada hal-hal eksternal yang ''mempengaruhi'' inang dan agen dan mempengaruhi jika penyakit muncul.''}}
Karakteristik lingkungan mencakup: jenis tanah, kelembaban, curah hujan, serangga yang menulari agen, hewan berdesakan, sanitasi, dll.

*Sinar ultraviolet merusak mata (kornea) sapi yang menyebabkan pinkeye. Pinkeye biasanya terjadi pada musim panas ketika radiasi ultraviolet tinggi.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering terjadi pada sapi yang dipelihara berdekatan ketimbang pada sapi yang memiliki jarak antara satu sama lain.

Penyakit ''Pinkeye'' lebih sering muncul ketika terdapat banyak lalat.

*Pinkeye lebih umum jika ternak memakan rumput panjang yang keras. Rumput yang keras dapat menyebabkan luka kecil pada kornea yang membuat bakteri masuk pada mata.

Paparan oleh agen penular saja tidak berarti penyakit pasti terjadi. Diperlukan berbagai penyebab dan kombinasinya untuk dapat menimbulkan penyakit.

== Diagram atau jejaring kausal ==
Hubungan di antara penyebab penyakit dapat direpresentasikan di dalam diagram yang menunjukan penyebab dan bagaimana mereka bersama-sama mempengaruhi terjadinya penyakit. Diagram ini disebut "diagram kausal" atau "jejaring kausal" (karena mereka mirip jaring laba-laba yang menghubungkan berbagai penyebab dengan penyakit). Diagram kausal dan menunjukan di dalam diagram bagaimana penyebab-penyebab tersebut berhubungan dengan lingkungan, agen dapat bersama-sama mempengaruhi risiko terjadinya penyakit pada hewan. Beberapa penyakit disebut sebagai penyebab yang diperlukan â€“ artinya penyakit tidak akan muncul jika penyebab ini tidak ada. Penyebab lain dapat hanya meningkatkan atau mengurangi risiko munculnya penyakit dan penyebab-penyebab ini bukanlah penyebab yang diperlukan. Memahami penyebab sering kali membantu kita mengidentifikasi tindakan apa yang diperlukan untuk mengurangi risiko penyakit melalui kegiatan-kegiatan seperti mengubah paktik manajemen pemeliharaan.

Bakteri ''Pasturella multocida'' merupakan agen penular penyakit SE (''Haemorrhagic Septicaemia''). Diagram berikut ini menunjukkan beberapa penyebab penyakit SE dan bagaimana pengaruhnya terhadap kemunculan penyakit pada indibidu hewan. Anda dapat melihat bahwa diagram tersebut menggambarkan interaksi yang rumit diantara berbagai penyebab penyakit yang dapat mempengaruhi munculnya penyakit pada seekor hewan.

'''Jejaring kausal untuk Haemorrhagic septicaemia'''

[[Image:Haemorrhagic_septicaemia_causal_web.svg|Causal web for Haemorrhagic septicaemia]]

Karena adanya berbagai kombinasi penyebab penyakit, maka penyakit yang sama dapat muncul di peternakan yang berbeda atau pada waktu yang berlainan akibat kombinasi penyebab yang tidak sama.

Investigasi epidemiologi dapat membantu mengidentifikasi penyebab penyakit yang penting, sedangkan pengetahuan epidemiologi mengenai penyebab penyakit serta interaksinya dapat digunakan untuk menyusun langkah-langkah yang bisa diterapkan oleh dokter hewan, paravet, dan peternak untuk mencegah atau mengendalikan penyakit.

Kita mungkin menemukan di dalam kajian penelitian bahwa peternakan sapi memberi pakan rumput dan jerami kering lima kali mengalami wabah pinkeye pada sapi muda yang disapih dibandingkan dengan yang menggunakan silase atau rumput segar.

Berbekal informasi ini, paravet atau dokter hewan dapat menyarankan peternak untuk mengganti pakan kering dengan rumput segar atau silase apabila terjadi banyak kasus penyakit ''pink eye'' di daerah tersebut. Peternak juga dapat menyemprot pakan kering dengan air untuk mengurangi resiko debu atau partikel kecil lainnya mengenai mata sapi pada saat makan. Pendekatan ini dapat mengurangi resiko penyakit tersebut pada sapi yang sudah disapih.

{{example|A disease may be prevented by doing something that breaks an important relationship between different causes.

Sebagai contoh:
* menggunakan tindakan kebersihan yang lebih baik dan mengelola peternakan dengan lebih baik untuk mencegah kontaminasi dari agen infeksius.
* memvaksin hewan untuk meningkatkan imunikas inang dan membantu mencegah infeksi dari agen infeksius.

Understanding the different causes can help find cost effective ways to prevent or reduce the effects of the disease.
* If shade is provided for cattle, the damage caused by UV light to the eyes may be less and the amount of pinkeye disease reduced.
* If we vaccinate all the cattle for haemorrhagic septicaemia and avoid crowding during the wet season we would reduce the number of disease events.}}

Berikut ini adalah beberapa contoh diagram kausal.

'''Diagram sebab-akibat untuk anthrax'''

[[Image:Causal web for anthrax.svg|Causal web for anthrax]]

Hewan yang terinfeksi Antraks dapat menularkan penyakit tersebut melalui tanah. Spora yang tertinggal dapat bertahan hidup di tanah untuk waktu yang sangat lama apabila tidak dihancurkan dengan sempurna melalui pembakaran dan dekontaminasi, sehingga dapat menularkan penyakit tersebut pada hewan yang tidak divaksinasi.

'''Komponen uatama penyebab anthrax'''

[[Image:Key_component_causes_of_anthrax.svg|Key component causes of anthrax]]

Anda dapat mengambil tindakan yang bisa mengurangi resiko penularan penyakit ke hewan lain dengan memahami interaksi diantara penyebab yang ada di lingkungan, perilaku agen penular, dan kerentanan inang. Membakar bangkai hingga menjadi abu, membuang tanah yang terkontaminasi cairan tubuh hewan yang tertular dengan benar, dan memvaksinasi seluruh kelompok hewan dapat mengurangi resiko penularan lebih lanjut melalui spora yang ada di lingkungan. Disamping itu, terdapat pula berbagai kegiatan manajemen dan pemeliharaan lainnya yang dapat dipertimbangkan.

''Lantana camara'' adalah jenis tanaman bunga yang berbahaya. Daun tanaman ini beracun untuk hewan dan dapat menyebabkan kerusakan hati. Hewan ternak biasanya akan menghindari tanaman ini tetapi dapat memakannya jika tidak ada makanan lain; misalnya akibat kekeringan, banjir, atau manajemen yang buruk. Penggembalaan yang buruk juga dapat membawa hewan ternak ke tempat di mana tanaman tersebut tumbuh. Selain itu, hewan ternak akan selalu mencari makanan yang hijau (rumput, ilalang, dedaunan, dsb). Hal ini dapat menyebabkan akumulasi klorofil pada kulit sehingga kulit hewan yang pucat dapat terbakar oleh sengatan matahari.

'''Diagram sebab akibat untuk photosensitisasi'''

[[Image:Causal web for photosensitisation.svg|Causal web for photsensitisation]]

Dengan pemahaman yang lebih baik mengenai penyebab di lingkungan, inang dan agen, kita dapat mempengaruhi hasil dari penyakit secara signifikan. Penggembalaan secara hati-hati yang dapat menghindari area di mana lantana tumbuh, dan memastikan kualitas pakan yang memadai dapat menurunkan kemungkinan ternak memakan lantana. Menyediakan ternak sapi yang mempunyai akses pada lantana (terutama ternak berkulit pucat) dengan akses yang baik pada kandang dapat memberikan proteksi terhadap photosensitisasi. Memberikan ternak pakan kering (jerami, dll.) bukan pakan hijau (chlorophyll filled) akan sangat baik mengurangi kulit terbakar matahi. Perlu diingat juga keracunan lantana camara tidak hanya menyebabkan kerusakan hati tetapi kombinasi chlorophyll dan matahari untuk hewan pucat dengan kerusakan hati tanpa kandang dapat menyebabkan tanda yang sama.

'''Komponen utama penyebab photosensitisasi'''

[[Image:Key_component_causes_of_photosensitisation.svg|Key component causes of photosensitisation]]

= Bagaimana penyakit berkembang =
== Perkembangan penyakit pada individu hewan ==
Pertama-tama kita perlu memahami beberapa definisi sebelum mulai mempelajari perkembangan penyakit pada hewan individual.

{{hlbox|'''Agen penular: '''Organisme penyebab penyakit pada hewan yang rentan. Agen penular meliputi: Bakteri, virus, parasit, protozoa, dan jamur.}}

{{hlbox|'''Penyakit menular: '''Suatu penyakit yang disebabkan oleh agen penular tertentu dan terjadi akibat penularan agen dari inang yang terinfeksi ke inang yang baru, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui inang perantara, vektor, atau lingkungan.}}

{{hlbox|'''Penyakit kontagius: '''Penyakit kontagius adalah suatu penyakit menular yang dapat menyebar secara langsung dari hewan ke hewan. Semua penyakit kontagius bersifat menular, tetapi tidak semua penyakit menular bersifat kontagius.}}

Contoh penyakit kontagius antara lain Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) dan ''Highly Pathogenic Avian Influenza'' (HPAI). Penyakit seperti ini dapat menular dari satu hewan ke hewan lain secara langsung.

Contoh penyakit menular yang tidak kontagius antara lain tetanus, antraks, dan infeksi cacing hati. Penyakit jenis ini tidak dapat menular secara langsung dari satu hewan ke hewan lainnya. Hewan yang terinfeksi penyakit tersebut akan mengkontaminasi lingkungan, yang pada gilirannya akan menulari hewan yang sehat.

Catatan: Istilah ''penyakit menular'' dan ''penyakit kontagius'' kadang kala digunakan dengan tidak tepat dan saling tertukar sehingga dapat menimbulkan kerancuan.

'''Kerentanan:''' hewan harus rentan terhadap infeksi untuk terkena penyakit. Hewan yang tidak renan dapat terpapar beberapa penyebab penyakit termasuk agen penular dan tidak terkena penyakit.
* Hanya famili kuda (Equidae) yang rentan terhadap equine infectious anaemia
* Sapi muda lebih rentan pada pinkeye karena ''Moraxella bovis'' dibandingkan sapi yang lebih tua yang pernah terpapar sebelunya.

'''Paparan:''' Interaksi antara hewan dan agen penular. Hewan yang tidak terpapar pada agen penular tidak akan terkena penyakit. *Tidak semua hewan yang terpapar akan terinfeksi.
*Ketika virus influenza menulari flok ayam yang terlalu banyak jumlahnya, setiap ayam akan terpapar tetapi tidak semuanya akan menjadi sakit.

{{hlbox|'''Masa inkubasi:''' Rentang waktu sejak infeksi hingga hewan menunjukkan tanda-tanda klinis suatu penyakit.}}

Pada inang (hewan), terdapat beberapa tahap yang menetukan apakah hewan tersebut akan tertular penyakit setelah terpapar agen penular.

Diagram ini menunjukkan perkembangan suatu penyakit menular pada individu hewan dan menggambarkan kondisi kondisi penyakit serta hasil akhirnya di kotak berarsir pada bagian atas. Diagram tersebut dibuat sesuai urutan waktu dari kiri ke kanan.

[[Image:Progression_of_an_infectious_disease.svg|Progression of an infectious disease]]

Pertama-tama hewan harus rentan terhadap suatu penyakit untuk terinfeksi. Hewan yang rentan harus terpapar agen penular agar terjadi infeksi. Paparan berarti agen penular telah masuk ke dalam tubuh hewan dengan beberapa cara. Tidak semua paparan akan menyebabkan infeksi. Kadang kala setelah paparan agen infeksius akan mati atau dibunuh oleh sistem kekebalan sebelum dapat menyebabkan infeksi. Jika agen penular mulai tumbuh dan bereplikasi di dalam tubuh, maka pada saat ini hewan terjadi perubahan dari paparan menjadi infeksi. Di setiap tahap awal infeksi hewan biasanya tidak akan menunjukan tanda-tanda penyakit. Ini disebut ''''' masa inkubasi'''''.

Selama periode ini, agen penular akan memperbanyak diri; peningkatan jumlah agen penular akan memperbesar dampaknya pada hewan (inang). Masa inkubasi dimulai sejak hewan tertular suatu penyakit dan berakhir pada saat hewan mulai menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tersebut. Dalam kasus tertentu, hewan yang tertular tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit sama sekali.

Setiap penyakit menular mempunyai karakteristik masa inkubasi. Lamanya masa inkubasi ini bergantung pada:
* cara agen penular masuk ke inang
* jumlah agen penular yang masuk ke inang
* sebarapa cepat agen penular bermultiplikasi di dalam inang
* kemampuan agen menyebabkan penyakit
* respons imunitas inang

Keterkaitan ini menghasilkan masa inkubasi yang berbeda-beda pada hewan yang berlainan, walaupun agen penularnya sama.

{{example|Soleh has a lot of chickens. All his chickens have got sick before with influenza. He noticed that from the day he put he put a sick bird in with the others it took between 3 - 5 days before all his other chickens became sick.

Soleh has measured the incubation time of this influenza virus to be between 3 and 5 days.}}

Hewan yang tertular dapat terkena penyakit kronis (hewan tetap tertular dan menunjukan tanda-tanda penyakit), mati karena penyakitnya, atau pulih. Hewan yang pulih dapat sembuh sepenuhnya dan seluruh agen penular dapat dihilangkan dari tubuhnya. Namun kadang kala hewan yang telah pulih tidak lagi menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit tetapi masih membawa agen penular (''carrier'').

Dalam beberapa penyakit, hewan yang tertular mungkin tidak pernah menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit. Sementara dengan penyakit lain, hampir semua hewan yang tertular dapat menunjukkan tanda-tanda penyakit.

{{example|Soleh has some cows as well. One year some of his cows had bad diarrhoea. Pak Paimin, the para-vet, investigated the problem. As part of a university study he took faecal samples from all the cows. He found all Soleh's cows were infected with high worm numbers yet only a few had diarrhoea. All the cows recovered and became healthy again once they were wormed.

Two years ago, Soleh had several cows die suddenly as a result of anthrax infection. Anthrax is an example of a disease where almost all infected animals will die.}}

Hewan pembawa (''carrier'') mungkin tidak menunjukkan tanda-tanda penyakit tetapi dapat membawa dan melepaskan agen penular ke lingkungan, baik secara terus-menerus maupun pada waktu tertentu ketika hewan tersebut mengalami stres atau menderita penyakit lain. Oleh karena itu, hewan pembawa juga menimbulkan risiko bagi hewan rentan lainnya di populasi.

{{example|Sebagai contoh:
* Bovine viral diarrhoea virus dapat menghasilkan tahap carrier di mana hewan tetap terus terinfeksi, tidak pernah tumbuh sangat baik dan terus shedding virus. Hewan yang terus terinfeksi BVD dapat menyebarkan virus yang menginfeksi hewan lain.
* Beberapa hewan yang secara klinis pulihwill remain carriers of ''Moraxella bovis.'' Bakteri dapat hidup di mata, hidung dan vagina hewan pembawa ini. Lalat membawa penyakit dari hewan-hewan ini ke hewan non-carrier lainnya, kadang kalai ini menyebabkan penyakit jika inang, agen lain dan karakteristik lingkungan tepat.}}

Hewan yang pulih dari suatu penyakit sering kali dapat membangun kekebalan terhadap agen penyakit tersebut, hal ini dapat mencegah penularan apabila hewan terpapar kembali. Kekebalan terhadap penyakit tertentu dapat bertahan seumur hidup, sedangkan untuk penyakit lainnya mungkin lebih singkat sehingga hewan dapat tertular kembali seiring menurunnya tingkat kekebalan.

{{contoh|Sebagai contoh:
* Bovine babesiosis adalah parasit yang disebarkan oleh gigitan kutu yang dapat menyebabkan penyakit klinis pada sapi. Hewan yang sembuh dari infeksi ini memliliki kekebalan sepanjang hidupnya.
* Bovine ephemeral fever (BEF) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus yang menyerang sapi yang disebarkan oleh gigitan nyamuk. Ini menyebabkan demam dan pincang serta turun berat badan pada hewan terinfeksi. Hewan yang sembuh mempunyai kekebalan seumur hidup terhadap infeksi strain yang sama.
* Sapi yang terkena infeksi bateri pada ambing (mastitis) dapat sembuh dengan atau tanpa pengobatan tetapi tidak mempunyai kekebalan jangka panjang dan dapat terinfeksi kembalo dengan bakteri yang sama di masa mendatang.
* Beberapa sapi dapat memproduksi kekebalan jangka lama terhadap satu penyakit sementara vaksin lain memproduksi kekebalan jangka pendek dan hewan harus divaksinasi kembali dengan interval berjangka untuk melindungi terhadap penyakit-penyakit tertentu. }}

{{contoh|Soleh memperhatikan bahwa setelah semua ayamnya sembuh dari influenza, mereka tidak sakit lagi. Bahkan ayam baru yang sehat tidak sakit ketika dia memasukkan beberapa ayam sakit dengan ayam yang sehat. Ayamnya tidak terkena influenza dalam waktu satu tahun.
* Dia menanyakan kepada Ibu Putri, paravet, mengapa hal ini bisa terjadi. Ibu Putri menjelaskan bahwa ayamnya mempunyai kekebalan untuk sebagian besar virus influenza yang umum. Perlu satu tahun untuk virus influenza yang berbeda atau baru untuk masuk atau populasi yang ada sekarang yang terdiri dari sedikit sekali ayam yang sebelumnya ada karena yang lain sudah dijual atau mati.}}

== Perkembangan penyakit dalam suatu populasi ==
Bayangkan sebuah populasi hewan yang belum pernah terpapar agen penyakit tertentu sebelumnya. Populasi ini akan sangat rentan terhadap suatu penyakit menular. Penyakit yang menular di dalam populasi ini kemungkinan besar akan menyebar dengan sangat cepat (menimbulkan wabah atau epidemi).

Beberapa penyakit dapat menyebar dengan cepat dalam suatu populasi, sedangkan jenis lainnya menyebar dengan perlahan.

{{example|For example:

Newcastle disease spreads rapidly between birds housed together whereas bovine diarrhoea virus (BVDv) spreads slowly within a population of cattle.}}

Untuk jenis penyakit yang sudah ada dalam suatu populasi(penyakit endemik), biasanya populasi tersebut terdiri atas beberapa jenis hewan yang:
* Rentan
* Tertular
* Sakit
* Sembuh
* Memiliki kekebalan

Banyaknya penyakit yang ada di suatu populasi bergantung pada campuran jenis hewan dalam populasi tersebut pada satu waktu tertentu.

Proporsi hewan yang rentan memiliki pengaruh yang paling besar terhadap banyaknya penyakit yang berkembang di suatu populasi setelah masuknya agen penyakit. Apabila sebagian besar populasi memiliki kekebalan, maka penyakit tersebut tidak akan berdampak besar. Namun jika terdapat banyak hewan yang rentan, maka penularan penyakit pada populasi tersebut dapat menimbulkan wabah yang luas (epidemi).

Berikut adalah hal-hal yang dapat mengubah penyebaran penyakit di suatu populasi:

===Area tempat penyakit terjadi===

{{example|Why did Jembrana disease appear in Bali? What was special about Bali for this disease to occur there?

Penyakit Jembrana merupakan penyakit tidak biasa yang menyerang ternak sapi di Bali dan disebabkan oleh virus Jembrana (JDV). Wabah pertama muncul pada tahun 1964. Tidak diketahui secara pasti awal terjadinya infeksi ini tetapi ada beberapa peristiwa yang terjadi tidak lama sebelum munculnya wabah tersebut dan mungkin ikut berperan sebagai penyebabnya:

* A ship containing cattle was reported in the area. Could this ship have introduced one or more infected animals onto Bali?
* There had been a vaccination program in parts of Indonesia the previous year to vaccine cattle against FMD. Could the vaccine have been contaminated with JDV?
* Mount Agung volcano erupted in 1964 killing many people and contaminating pasture with volcanic ash. Could this event have contributed in some way to the appearance of JDV infection?}}

===Periode waktu kejadian===

{{example|Was the whole population exposed to the infection at the same time or did 1 animal get sick and pass it on to 2 others, which passed it on to 8 others, etc.?

* Kadang kala kejadian penyakit menular pada hewan dapat ditelusur ke belakang mulai dari masuknya satu hewan sakit beberapa hari sebelumnya. Pada situasi ini, hewan yang awalnya sakit dapat menginfeksi 1-2 hewan yang kemudian menulari beberapa hewan lainnya. Pada awalnya jumlah kasus penyakit dapat sangat kecil dan kemudian berkembang dengan cepat karena lebih banyak hewan terinfeksi yang menyebarkan penyakit ini.

* Sometimes multiple animals can be exposed at once to an infectious agent and disease occurs all at once in many animals. An example is anthrax where several animals may die suddenly and then no more cases may occur for a period.}}

* '''Kepadatan populasi '''

{{example|How close do animals need to be for disease to spread from animal to animal either directly or indirectly?

* Beberapa penyakit seperti highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) dan penyakit mulut dan kuku (PMK) dapat menyebar dengan cepat dari satu hewan ke hewan lainnya melalui kontak langsung (bersentuhan) atau menyebarkan melalui udara vurus yang ada pada leleran dari satu kelompok hewan ke kelompok hewan lain yang berada di dekatnya. Penyebaran paling cepat penyakit-penyakit ini terjadi pada hewan yang dikandangkan dengan jumlah yang banyak.

* Bacterial agents that can cause diarrhoea and other infections (salmonella, coliform bacteria) may be able to live for hours or days in water, wet soil or feed. Other animals can be exposed when they ingest contaminated water or feed. This sort of disease spread tends to be more likely when animals are housed close together in relatively larger numbers.}}

===Proporsi hewan yang rentan dalam suatu populasi===

{{contoh|Jika hanya hewan yang lebih tua yang satu-satunya tertular - seperti pada kasus Johne's disease - maka kita dapat memperkirakan bahwa hewan yang mempunya banyak hewan berumur tua akan lebih merasakan dampak dari penyakit dibandingkan peternak yang memiliki lebih banyak hewan muda.}}

{{hlbox|'''''Kekebalan kelompok '''menggambarkan suatu bentuk kekebalan yang muncul ketika sebagian besar populasi hewan memiliki kekebalan terhadap suatu penyakit sehingga dapat memberikan tingkat perlindungan tertentu kepada hewan-hewan yang rentan pada populasi tersebut.''}}

Ketika proporsi yang besar dari suatu populasi memiliki kekebalan, maka hewan yang memiliki kekebalan tersebut dapat melindungi hewan-hewan yang rentan dalam populasinya. Seiring meningkatnya proporsi hewan yang memiliki kekebalan (baik secara alamiah atau melalui vaksinasi), makin kecil kemungkinan hewan penular penyakit (hewan yang tertular dan melepaskan agen penyakit) akan bertemu dengan hewan yang rentan. Hasilnya, kasus penyakit baru akan berkurang atau bahkan hilang.

{{example|Soleh vaccinates his chickens against newcastle disease virus (NDV). A month later he introduces some unvaccinated chickens into his flock.

Peternak lain di daerah yang sama belum melakukan vaksinasi serta banyak unggasnya yang sakit dan mati. Hasil dari investigasi kesehatan hewan menunjukkan penyakit NDV. Unggas milik Soleh tidak sakit walaupun salah seekor unggas yang sakit dari peternakan tetangganya bermain dengan ayam miliknya.

Having a high proportion of vaccinated birds in his flock almost certainly produced a herd immunity effect that protected both the vaccinated and unvaccinated birds in Soleh's flock from infection with NDV.}}

Perkembangan penyakit menular dalam suatu populasi menunjukan satu satu ekor hewan teinfeksi (lingkaran hitam), hewan yang rentan (garis batas tanpa arsiran) dan hewan yang memiliki kekebalan (arsiran abu-abu). Hewan terinfeksi melepaskan agen penyakit yang memapar baik hewan yang rentan (tanpa arsiran) maupun hewan yang memiliki kekebalan (dengan arsiran).

[[Image:Progression of an infectious disease 2.svg]]

Jika hanya asa sedikit hewan yang memiliki kekebalan di dalam populasi, maka masuknya satu hewan atau lebih yang terinfeksi kemungkinan besar akan menyebarkan penyakit. Jika terdapat lebih banyak hewan yang memiliki kekebalan dalam populasi, maka hewan yang terinfeksi bersentuhan hanya dengan hewan yang kebal sehingga penyakit tidak menyebar.

Ambang batas jumlah hewan yang memiliki kekebalan dalam suatu populasi sehingga dapat mencegah penularan berbeda-beda untuk setiap jenis penyakit.

Konsep kekebalan kelompok dapat digunakan untuk memperkirakan tingkat cakupan vaksinasi yang dibutuhkan untuk mengurangi kejadian penyakit. Karena adanya kekebalan kelompok, maka program pengendalian penyakit tidak harus memvaksinasi seluruh populasi hewan untuk mengurangi kejadian penyakit atau mencegah epidemi.

{{example|For example:
The figure below shows a simulation of a contagious disease being introduced into a susceptible population. The lines represent the number of animals

* hewan yang rentang tertular dan menunjukkan tanda klinis
* hewan yang sembuh
* Pola distribusi hewan yang hewan rentan, tertular secara klinis, dan yang pulih dalam suatu populasi setelah masuknya penyakit kontagius.

Gambar berikut ini menunjukkan jumlah hewan dalam setiap kelompok (rentan, tertular atau klinis, dan sembuh) setelah munculnya suatu penyakit kontagius dalam populasi yang berjumlah 500 ekor hewan.

[[Image:Susceptible_infected_and_clinical_in_a_population.svg]]

Dalam contoh ini, populasi tersebut pada awalnya berjumlah 500 ekor hewan; semuanya rentan, tidak ada penularan klinis, dan tidak ada hewan yang sembuh. Ini berarti pada awalnya tidak ada penyakit dalam populasi tersebut.

Ketika penyakit kontagius masuk, mula-mula terdapat sejumlah kecil hewan yang tertular. Seiring waktu, hewan-hewan ini akan menulari hewan yang lain sehingga penyakit akan menyebar dalam populasi tersebut. Hal ini terlihat dari meningkatnya jumlah hewan yang klinis (hewan tertular yang menunjukkan tanda-tanda klinis) dan menurunnya jumlah hewan yang rentan.

After some time the clinical animals will recover from the disease. The final pattern will depend on how contagious the disease is and how severe it is. If the disease became endemic there would be a constant mixture of susceptible, clinical and recovered animals. The number within these categories will move up and down over time depending on all the causes that influence if disease will occur.}}

= Penularan dan penyebaran penyakit =
Agar terus menyebar, suatu penyakit menular harus dapat berpindah dari hewan yang tertular ke hewan yang rentan. Jika ini tidak terjadi, maka penyakit tersebut akan menghilang.

{{hlbox|'''''Penularan''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari seekor hewan ke hewan lainnya''}}

{{hlbox|'''''Daya tahan''' merujuk pada kemampuan agen penular untuk terus muncul atau bertahan hidup dalam suatu popuasi seiring berjalannya waktu''}}

{{hlbox|'''''Penyebaran''' menggambarkan bagaimana suatu agen penular dapat berpindah dari satu populasi ke populasi lainnya''}}

Agar penularan dapat berlangsung, suatu agen penular harus dapat keluar dari tubuh hewan yang tertular dan masuk ke tubuh hewan yang rentan.

'''Penularan agen penular dari inang tertular ke inang yang rentan'''

[[Image:Transmission_to_susceptible_host.svg]]

'''''Agen penular dapat keluar dari tubuh inang''''' melalui berbagai cara. Contohnya antara lain:
* ''Permukaan tubuh'' - melalui rambut, nanah atau keropeng (kurap)
* ''Leleran hidung''''' '''- (virus influenza)
* ''Mulut'' - air liur (virus rabies, penyakit mulut dan kuku, tuberculosis)
* ''Kelenjar susu'' - air susu (bakteri streptokokus)
* ''Anus'' - kotoran (bakteri salmonella)
* ''Saluran urogenital'' - urin dan sperma (leptospirosis, kampilobakter)
* ''Mata'' - air mata (''pinkeye'')
* ''Darah'' - (demam Q melalui vektor kutu)

'''''Agen penular dapat masuk ke inang baru''''' dengan berbagai cara.

Beberapa cara yang mungkin masuk ke inang adalah sebagai berikut:
* ''Oral'' - '''''dengan termakan (banyak parasit/cacing yang bertahan hidup di rumput atau pakan)
* ''Respiratori'' - melalui menghirup agen ke dalam hidung, tenggorokan dan jalur pernapasan, (avian influenza virus, bakteri penyebab pneumonia).
* ''Membran mukosa'' - melalui kontak dengan mata, mulut atau hidung. (Pinkeye)
* ''Kulit'' - melalui luka pada kulit (ringworm) atau kulit yang terbuka (anthrax pada manusia) atau melalui gigitan serangga (bluetongue) atau melalui gigitan binatang (rabies)
* ''Perkawinan'' - ditularkan ketika hewan berkembang biak (vibriosis pada sapi)
* ''Penanganan'' - melalui beberapa managemen atau prosedur kesehatan hewan (operasi, vaksinasi, pemotongan tanduk, kastrasi, injeksi) Bluetongue pada ternak livestock dan HIV/AIDS atau Hepatitis pada manusia

'''''Penularan - '''''Agar penyakit dapat berpindah dari satu hewan ke hewan lain, maka agen penyakit harus dapat menular antarhewan. Hal ini dapat terjadi melalui beberapa cara, antara lain:

* '''''Secara langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain dengan cara berikut:
** Kontak antarhewan
** Hewan tertular oleh leleran hewan lain yang sakit (hidung, sekresi, urin, kotoran, dll.)
** Penularan pada embrio di dalam rahim yang tengah mengandung (pada mamalia) atau pada telur (unggas, reptil, amfibi, ikan dan artropoda), atau melalui air susu dari induk kepada anaknya

* '''''Secara tidak langsung''''', dimana agen penular berpindah dari satu hewan ke hewan lain melalui makhluk hidup atau benda mati yang menjadi perantara
** Makhluk hidup (inang perantara) dapat menyebarkan penyakit menular tertentu, misalnya nyamuk penular Malaria pada manusia atau kutu penyebar Babesia pada sapi
** Benda mati yang dapat menularkan agen penyakit tertentu meliputi pakan, peralatan, pakaian, jarum dan alat suntik.

'''Spread '''- Common methods for an infectious agent to spread between populations of animals include:
* Movement of infected animals into a new population
* Movement of contaminated materials
* Spread via contaminated equipment such as veterinary, farming, etc.
* Movement of vectors such as ticks, birds, wild animals between populations
* Airborne spread of bacteria, viruses (foot and mouth disease), or fungi from one population to another

'''''Maintenance''''' - Infectious agents need to survive over time or the infection will disappear. Infectious agents have developed different ways to survive either in animals or the environment.

These include:
* developing a resistant form that can survive for a long time in the environment (anthrax spores, helminth eggs, toxoplasma cysts)
* continual transmission to susceptible hosts through:
** rapid infections that cause little immune response
** or by altering their genetic makeup to avoid any immunity that developed against previous forms
* forming persistent infections in host animals (Johnes disease, tapeworm, maedi-visna virus, BVD)
* developing the capacity to infect multiple different species to increase likelihood of continual transmission (Nipah virus infects bats, pigs, humans, rabies infects all mammals)
* avoidance of any external or environmental forms as a way of avoiding dying in the external environment (trichinella species)

The following two figures provide examples of transmission and maintenance for some diseases using life cycle diagrams.

'''The trichostrongylus spp. life cycle in sheep and cattle.'''

[[Image:Life cycle trichostrongylus spp.svg]]

The Trichostrongylus spp. life cycle includes the following steps.
# Eggs passed in faeces
# 1st stage larvae hatch from eggs in faeces
# 1st and 2nd stage larvae feed on bacteria in faecal pallets
# 3rd stage larvae is protected from drying out by its outer shell
# 3rd stage larvae move out of faeces and onto grass. The free living stage in the environment of the life cycle can take from 2 -12 weeks to complete
# Sheep eat grass and 3rd stage larvae. These moult in the small intestine to 4th stage larvae which then become adult worms. Adult worm produce eggs which are passed in the faeces. The host stage of the life cycle can take 18-21 days to complete

'''Anthrax life cycle'''

[[Image:Life cycle anthrax.svg]]

The anthrax life cycle includes the following steps:
# Anthrax spores are ingested, inhaled, or contacted by the host (human or animal)
# Disease and death occur in the host
# Vegetative cells are released into the environment following death of the host
# Anthrax infection can occur from contact with animals that have died from anthrax
# Vegetative cells in the environment turn into spores and remain infective to hosts for many years

= Using a field epidemiology approach to larger disease investigations =
Field epidemiology skills are important in all disease investigations even when only one animal or one farm is affected.

The epidemiologic approach to disease investigation becomes more and more important where:

* there are larger numbers of animals are affected
* the disease is spreading rapidly
* the causes of the disease are uncertain (affected animals displaying signs that are different to commonly seen diseases or more severe)

Examples of these situations include outbreaks of exotic diseases or new diseases or where a common disease has changed so that it spreads more rapidly or has a higher mortality rate. In these situations, an epidemiological investigation is likely to provide the best approach to understand possible causes and identify control measures for the disease.

The advantage of an epidemiological approach is even when you do not know what the disease is or what the specific infectious agent(s) might be you can often draw conclusions about:

* the likely causes of the disease
* identify possible control measures

Larger disease events often involve one of the following situations:

'''Where the causes of the disease are known'''

There may be interest in trying to understand how or why the disease occurred in this a particular event so control measures can be put in place. The agent causing the outbreak will be known or identified early in the investigation. In these situations the investigation is directed at identifying causes that contributed to this particular occurrence of the disease.

'''Where the causes of the disease are not known'''

For new disease or exotic disease the investigation is directed at identifying causes and possible control measures. The diagnosis is important but may not occur until after initial control measures are implemented.

{{example|For example:

The initial investigation of ''Mad Cow Disease ''or ''Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE)'' in the United Kingdom suggested that the disease was likely to have been spread through contamination of cattle feed products with meat and bone meal. Preventative measures involving a ban of feeding ruminant-derived protein were identified from initial epidemiologic investigations and put in place well before the agent was identified. Years later additional research identified the causal agent (a prion) and confirmed that the initial recommendations were effective in preventing further spread of the disease.}}

An epidemiologic disease investigation follows a systematic approach, and includes the following activities.

# Develop a case definition and assign animals to â€˜casesâ€™ or â€˜non-casesâ€™
# Collect data on cases and non-cases
# Apply simple analyses to the data collected to describe the patterns of disease and identify possible causes
# Describe initial findings and make recommendations

Each of these four steps will be described in more detail in the following sections.

'''''NOTE''''': It is likely that epidemiological investigations will involve a district veterinarian working with para-veterinarians to plan and conduct the investigation. Para-veterinarians need to understand the general approach and the types of data and information that need to be collected.

== Describing cases and non-cases ==

{{hlbox|''A '''case definition''' is a set of standard criteria for deciding whether an individual animal has a particular disease or other aspect of interest. ''

''A '''case''' is an animal with characteristics and clinical signs that meet a case definition for the disease being investigated''}}

This step involves first completing the initial investigation (Section 3) to describe signs or symptoms of animals that are affected by the disease of interest. This involves examination of sick animals as well as animals that are not sick, i.e. unaffected animals. By comparing affected and unaffected animals we can develop a case definition.

It is often useful to have 3 separate levels of a case definition:

# ''confirmed case ''where all the criteria for the case are met
# ''suspect case'' where some but not all the criteria are met
# ''non-case ''where the animal can confidently be declared as not meeting either the suspect or confirmed criteria

For field investigation of an unusual disease it may be best to start with a broad and non-specific case definition. This may mean that some non-cases will be classified as cases. However, it should mean that few true cases are missed and wrongly classified as non-cases.

Once a case definition is developed, all sick animals are compared to the case definition and assigned to one of the levels (confirmed case, suspect case, or non-case). Case definitions are used so information collected on cases and non-cases can be compared to look for associations that identify potential causes.

{{example|For example:

Case definitions that might be used when investigating mastitis in dairy cows

In some cases of mastitis there are few or no visible clots in affected milk. Thus, the first case definition will result in some false negative results. In any test system, there is always a trade-off between false positive and false negative results.}}

{|
!Study Unit
!Case definition
|-
|Animal
|A cow with visible clots in the milk
|-
|Animal
|A cow with a milk cell count greater than 200,000 cells/ml
|}

Case definitions are important in epidemiological investigation as a population of animals may have many different diseases occurring at once. Only some of the sick animals may be affected with the disease that is being investigated.

{{example|Imagine if you are investigating a disease outbreak where there were several cases of sudden death due to a new disease. But there might also be 1-2 cases of death due to other common diseases - one animal died of acute mastitis and another died from a twisted stomach.

It will be important to examine all the dead animals and develop a case definition for the new disease. This should allow the 2 animals that died from well-known diseases (mastitis and twisted stomach) to be identified and removed from the group of animals with the new disease.}}

A case definition will allow you to identify and separate information about different diseases that may be occurring in the population. It also helps keep the disease investigation focused on the disease of interest.

{{example|Pak Paimin starts to think that this case may need a more epidemiological approach. He starts to put all the information together that he has found out so far.

He thinks about the cow that was lame, the 2 cows with diarrhoea and the calf that Budi was given who was sick. Pak Paimin needs to go over the dates of when all the animals got sick from his diary and put a time line together. The only cows to get sick were down stream of the pen where the sick calf would have been kept.

Pak Paimin decides on a case definition for this stage of the investigation:

'''Any cow (or calf) that has watery diarrhoea and temperature above 39°C'''}}

= Collecting data and counting cases =
To collect data on cases and non-case you will need to ask the farmer questions about their animals.

{{example|For example:

* When did the first case of this disease become apparent?
* Is it possible to get the date when each affected animal first showed clinical signs?
* Where were animals when they got sick and where were they in the days to weeks before they got sick?
* Is it possible to collect information on all the animals on the affected farm (or that mix together in a village population) over the days or weeks before cases started to occur?
* Have there been any animal movements into this group or out of this group?
* Were any treatments given to animals (what was administered and when)?
* Were there any other changes (change of feed, chemicals dumped in the paddock or river, new fence erected, etc)?}}

Data can also be collected from making direct observations of signs of disease from animals or from laboratory results.

{{example|Pak Paimin thinks about the additional important information he needs. He will ring Budi and ask him what was happening during the 2 weeks before these animals became sick and where the calf came from.

Budi finally tells Pak Paimin that he was away from the farm for 10 days and came back 4 days before the animals got sick. His brother in law was looking after the farm and he was in a bad mood the whole time. Budi is embarrassed because he is sure that his brother in law caused the cow to get an injury and go lame, he is also sure that he caused his animals a lot of stress.

The calf was given to him from a friend, Soleh, who is from another village. The calf had been sick for a long time and that was why he gave it to Budi.

Now Pak Paimin must ring Soleh and find out some information from him. But first he logs onto iSIKHNAS to see if there are any reports of sickness or diarrhoea from that village or area.}}

= Making sense of the information you collect =
This step then involves arranging and analysing the data that has been collected to try and describe the disease and identify possible causes.

If it is not possible to identify a diagnosis, then it is best to try and determine:

* the body system(s) that may be affected
* if the disease is likely to be infectious or non-infections
* if it may be spreading from one animal to another (contagious)

The following types of activities may be completed to help answer the above questions:

# Describe the patterns of disease in terms of time, place, and animal
# Arrange and analyse data looking for associations between disease and possible causes
# Developing ideas on possible diseases, causes, and control measures

== Describing patterns of disease ==
{{hlbox|''To describe patterns of disease we need to count '''cases''' (animals with disease) and '''non-cases''' (animals without the disease) on the affected farms. ''}}

Epidemiology studies patterns of disease occurrence. To find the patterns we need to count cases and non-cases. These counts can be used to describe disease occurrence in terms of '''''time, place, and animal'''''. Doing this will help us understand the disease, its impact, and explain how and why the disease occurred. This will help develop control strategies.

'''''Time'''''

Describing disease occurrence in '''''time''''' is usually done using epidemic curves. An epidemic curve is a plot of the number of new cases of disease over time.

{{example|For example:
The epidemic curve below shows time in days on the x-axis (horizontal) and a count of new cases on the y-axis (vertical).

[[Image:Epidemic curve.svg]]}}

This is a very common way of describing the pattern of disease occurrence. Epidemic curves do not require information on non-cases.

An epidemic curve can be produced from counts of cases and the time of onset of clinical signs. This is generally the day or date when clinical signs were first detected. Epidemic curves can provide a lot of information about the disease under investigation.

{{example|For example:
Epidemic curves can provide information about the type of disease and or type of exposure.

Highly contagious diseases have an exponential pattern with a steep rise followed by a progressive decline as susceptible animals are exhausted in the population.

[[Image:Highly contageous epidemic curve.svg]]

A disease outbreak associated with point exposure of animals (single exposure at a point in time e.g. toxic spill or food poisoning at a picnic) will show a sharp rise in cases and then a sharp fall.

[[Image:Outbreak Epidemic curve.svg]]

Endemic diseases that are not very contagious will show a fairly level pattern with some small peaks and troughs but no large rises.

[[Image:Endemic epidemic curve.svg]]}}

'''''Place'''''

Describing disease occurrence by '''''place''''' is usually done by mapping. Some highly skilled epidemiologists may often turn to computer based mapping software. However simple, hand-drawn maps remain very useful tools to summarise disease occurrence.

'''Example of a simple map generated by iSIKHNAS to help you monitor where disease is occurring'''

[[Image:simple map.svg]]

'''''Animal'''''

Describing disease occurrence by '''''animal''''' is usually done by arranging counts of cases by some host characteristic. Common characteristics used to describe disease occurrence by animal are:

* age group
* breed
* species
* sex
* body condition
* vaccination status

This may also include descriptions of outcomes such as; the number of animals that were infected, the number that have died, and the number that have recovered.

{{example|Pak Paimin finds there have been lots of reported diarrhoea cases in the village where the calf came from and also in the next Kabupaten where the drain runs to from Budi farm. Pak Paimin alerts the DINAS vet and together they create the below epidemic curve and plan a more detailed epidemiological investigation.}}

== Arranging and analysing data to look for associations ==

'''''Proportions''''' are often used to express disease occurrence. Proportions can be easier to understand and sometimes more useful than whole numbers. To calculate a proportion you will need to count two different groups of animals:

*'''''Number of cases of disease''''', either as:
** The number of new cases over a period of time, or
** The number of cases at a point in time (this method possibly includes old cases as well as new cases)

The number of cases of disease forms the ''numerator ''(the number on top) in the calculation of proportion.

*'''''Population-at-risk '''''
** The number of animals that may be considered eligible to get infected with the disease. The population-at-risk should include all those animals in the area of interest (farm, village, district, province etc.) that could get the disease. This may not include every animal.

{{example|In an outbreak of Milk Fever (Calcium deficiency) in cattle, the population-at-risk is all pregnant female cattle on the farm. Male cattle, and non-pregnant females are not part of the population-at-risk.

* The population-at-risk for retained placenta would be all cows and heifers which calve in the herd; for porcine parvovirus, the population-at-risk would be serologically negative gilts and sows.}}

The population-at-risk forms the ''denominator'' (the number on the bottom) in the calculation of a proportion.

<math>\mathit{Proportion}=\frac{\mathit{numerator}}{\mathit{denominator}}=\frac{\mathit{number}\mathit{of}\mathit{cases}}{\mathit{population}-\mathit{at}-\mathit{risk}}</math>

Describing disease occurrence using proportions may help identify differences in proportions that may indicate a cause of disease. Looking at data in this way can help describe patterns of disease in more detail and identify possible causes of disease.

Often it is useful to describe the proportion or percentage of animals that are affected based on other characteristics associated with the host, agent, or environment.

{{example|For example:

Some characteristics that are useful to arrange the data by:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Unit of study'''
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| '''Some relevant characteristics to compare'''

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Animal, cage, mob, paddock
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| species, sex, age, breed, weight, size, soil type, stocking density, stage of production, available feed, water source

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Farm
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, source of stock, source of feed and water, production method, other business

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| Village
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, number of farms, farm types, geography, climate

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| District
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.5pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.199cm;padding-right:0.191cm;"| location, size, government services, geography, climate

|}

{{example|Data on cases and non-cases may show that most cases occurred in one paddock or in one age-group of animals.}}

The proportion of animals developing disease can be arranged using other characteristics to look for patterns that may offer clues about causes of disease. If the proportion of animals developing disease is much higher in young animals than in adult animals then this may suggest that the disease is more likely to infect younger animals. This information may allow the para-vet to identify some possible diseases to add to the differential diagnosis list.

'''Attack rates''' (AR) can be used to compare proportions between different levels of some other characteristic. Attack rates require a numerator (number of cases arranged by each characteristic) and a denominator (total number of animals on the affected farm arranged by each characteristic).

{{example|Pak Paimin and the Drh. Agung DINAS vet find the case and population data out of iSIKHNAS for the two affected Kabupaten.

They make the following calculations:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 1, AR1 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 1</center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>For Kabupaten 2, AR2 <nowiki>=</nowiki></center>
| style="border-top:none;border-bottom:0.5pt solid #00000a;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases of diarrhoea in cattle </center>

|-
| style="border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| style="border-top:0.5pt solid #00000a;border-bottom:none;border-left:none;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total cattle in Kabupaten 2</center>

|}

{{example|Pak Paimin and Drh. Agung think during the time period the disease problem has been occurring, there are 100 cattle and 10 cases of diarrhoea in Kabupaten 1, and 300 cattle and 84 cases of diarrhoea in Kabupaten 2.

The initial data analysis from the epidemiological investigation that started with disease on Budi's farm:}}

{| style="border-spacing:0;"
| style="background-color:#e7e6e6;border:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"|
| colspan="2" style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Count of cattle</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Attack Rate</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| Kabupaten
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Cases</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>Total</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>AR</center>

|-
| style="background-color:#e7e6e6;border-top:0.75pt solid #00000a;border-bottom:0.75pt solid #00000a;border-left:0.75pt solid #00000a;border-right:none;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| 1

2
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10</center>

<center>84</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>100</center>

<center>300</center>
| style="background-color:#e7e6e6;border:0.75pt solid #00000a;padding-top:0cm;padding-bottom:0cm;padding-left:0.191cm;padding-right:0.191cm;"| <center>10%</center>

<center>28%</center>
|}

In the above table, attack rates are expressed as percentages.

There are 100 cows in Kabupaten 1 and 10 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 10/100= 0.1 or 10%. There are 300 cows in Kabupaten 1 and 84 of these are classified as cases, leading to an attack rate of 84/300= 0.28 or 28%.

Looking at attack rates for the different Kabupaten suggests that cattle in Kabupaten 2 are more likely to get diarrhoea than cattle in Kabupaten 1.
Dividing one AR by another AR produces a measure of the relative risk (RR). Cattle in Kabupaten 2 have a 2.8-fold higher risk of diarrhoea than cattle in Kabupaten 1 (RR=28%/10%).

In this example the cattle in Kabupaten 2 are more likely to have diarrhoea. From our investigation we know that the cases on Budi's farm were some of the very first cases of diarrhoea reported over this time. From the mapping of cases we know that most of the cases are very close to the drain that runs from Budi's farm.

This finding could lend support to the idea that cattle down stream of this drain are more likely to develop diarrhoea and that the drain is somehow involved in the spread of disease.

More detailed analyses of epidemiologic data are possible and may be important to identify possible causes. More detailed analyses are beyond the scope of this Basic Field Epidemiology Resource Book. Additional information is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Book.

== Developing disease control strategies ==

When investigating a disease it is important to develop control strategies quickly to minimise the number of animals that are affected. This is very important for diseases that have a high mortality rate or spread rapidly.

It is often important to implement some control measures as the initial investigation is finishing and before the para-vet (or veterinarian) leaves the farm. Even in situations where you may have multiple differential diagnoses or when you may not be certain of what the causes might be, it is usually possible to put into practice some useful control measures before leaving the farm. Sometimes additional investigations may be done or laboratory tests performed to try and identify possible causes and work towards a definitive diagnosis and in that case the control measures may change as you gather additional information.

Examples of possible control measures that might be put in place during the initial investigation include:

* removing susceptible animals to a new area may control the disease if the investigation suggests the cause of disease is a point source exposure such as a poisonous plant - '''Movement of hosts'''
* improving farm management, husbandry, or feeding if the investigation suggests that contamination, poor feed, or poor husbandry is a cause of disease - '''Animal management'''

If the investigation suggests an infectious agent that may be contagious then initial strategies should include:

* treatment of affected animals - '''Animal treatments'''
* stopping animals and people moving onto and off the affected farm - '''Control of animal movements'''
* separating the affected animals from unaffected animals - '''Isolation'''
* using and promoting good hygiene, disinfection, and other management strategies - '''Biosecurity'''

In many cases it is necessary to put some initial control strategies in place, then conduct further investigations to identify possible causes. As more information is available then treatments and prevention can be modified.

It is expected that District Veterinarians will be involved in the planning and interpretation of detailed epidemiologic investigations.

Some diseases will have pre-planned national control programs that are implemented when the disease is either suspected or confirmed. This sort of control is usually limited to specific diseases of importance where there is a policy of control or eradication (priority diseases and exotic disease of importance). Often a large amount is known about these diseases. This sort of control program often involves national legislative support and animal health policies that define what actions should be taken to investigate and control the diseases. Additional strategies that can be used in these types of control programs include:

* separating infected and suspect animals from susceptible animals as well as preventing animals or humans from moving onto of off affected farms will help reduce the spread and transmission of disease - '''Quarantine'''
* killing diseased animals and possibly suspect animals, disposal of the carcasses and other infectious material to reduce the number of sources of the infectious agent - '''Slaughter'''
* using vaccination to increase the immunity against the disease to reduce the number of susceptible animals - '''Vaccination'''
* reducing the number of intermediate hosts (such as insects and wild animals) that transmit the disease will help reduce the spread - '''Control''' '''of''' '''intermediate host'''

More detailed information on these matters is provided in the Advanced Field Epidemiology Resource Manual.

= Application of epidemiological approach to routine cases =
== Field Epidemiology in day to day work ==

Thinking about the possible causes of disease, the host, the agent, and the environment when looking at every sick animal will help para-veterinarians provide better services to farmers for treatment and prevention of disease in animals. Para-vets should be involving field epidemiology skills in all aspects of their every-day activities. The following examples are intended to illustrate how field epidemiology skills can be useful in all sorts of activities ranging from managing an individual sick animal to a larger scale disease outbreak.

=== Example 1 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where a calf is sick and has stopped drinking. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The mother of the calf has had poor milk.

The calves were all born in clean grassy paddocks.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calf, find an abscess on the navel, and you treat the calf.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases maintaining a clean environment for calving and to help calves drink from their mothers in the first 6 hours of life.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help you to think about how this case might have occurred â€“ '''multiple causes of disease''' ''(host, agent, and environment)''.

Knowing the common causes for this disease (the epidemiology of the disease) allows you to provide the best advice on how to treat the individual sick calf and even more importantly how the farmer can improve management to''' prevent''' further cases of this diseases from occurring in the future.

=== Example 2 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there is a number of calves with abscesses on the navel and a number of calves without abscesses.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|Some new cattle arrived 9 weeks ago

The cows moved paddocks 9 weeks ago

All the sick calves are between 6 and 8 weeks of age

All the healthy calves are older than 10 weeks of age

All the sick calves were born in a small yard that was very dirty

All the healthy calves were born in clean grass paddocks}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the calves and treat them.

You advise the farmer that causes for these abscesses include: dirty calving environment, damp/wet conditions, exposure to bacteria, and lack of milk (colostrum) in the first 6 hours.

You advise the farmer how to prevent further cases mainly by trying to have a clean environment for calving. The small yard is a cause that can easily be changed to prevent further cases. It is possible the new cows may have brought a new bacteria with them because the older calves do not have the disease. However, because the cows also changed paddocks it is hard to determine if this is true.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to think about the '''patterns of disease''' in the two groups of calves (sick and healthy) and how these differences can be related to the likely '''causes of disease'''.

We can use this information to provide the best treatment for affected calves and advise the farmer about what he can do to reduce the amount of disease in the future, providing long term benefit to the farmer that will improve animal health and productivity and reduce costs and losses into the future.

=== Example 3 ===

'''Case introduction'''

{{example|You visit a farm where there are 2 cows with diarrhoea.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|The 2 cows are both 2 year old Bali cows.

They have been kept separate from the other cows because they recently calved.

All the cows on the farm were wormed 3 weeks ago.

All they have to eat is short grass in the small paddock near the shed.

There are no cows on the neighbouring properties.

Both cows look weak, their eyes are sunken and they are depressed.

They have very foul smelling watery diarrhoea that contains fresh blood.

They are dehydrated.

Their temperatures are increased above normal: 39.8° and 40.1°.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the cows, take samples for laboratory investigation, and treat them.
You advise the farmer that the infectious agents that may cause diarrhoea (''differential diagnoses'') include: Bacterial infection of the intestines (Salmonella, E-coli), Bovine Viral Diarrhoea Virus, Parasites. Due to the fever and severe illness and foul smelling diarrhoea a bacterial infection is most likely.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be careful and be sure to wash their hands before they eat or prepare food, especially after coming in contact with the cows.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Keep the 2 cows and the calf separate from the other cattle (isolate)
* Healthy cows are to be kept higher up stream along the drain line from the 2 sick cows and the calf.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment of the two sick cows and also for prevention of transmission of the disease to other animals on the farm.

Epidemiology skills also allows you to recognise when a '''zoonotic disease''' may be present and to provide the best advice to people to help prevent humans getting the disease.

=== Example 4 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a feedlot and cattle trader where there are cows and calves with pinkeye.}}

'''Information collected during investigation'''

{{example|There are many cattle with pinkeye in one or both eyes

The feedlot feeds very stalky grass in a large feed trough off the ground

It is very dry, there has been no rain for some time

There are big piles of dung close to the feedlot and there are many flies

There is little shade in the feedlot

There are always cattle coming and going but there is always pinkeye. At the moment the feedlot is very full}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the animals and treat them.

You advise the farmer that causes of pinkeye include:
* Young cattle
* Flies
* Dust
* Physical characteristics of the animal, eye conformation (bulging eyes), lack of coloured (pigmented) skin around the eyes
* High sunlight (UV) exposure
* Crowding (high population density)
* Feeding long stalky grass

You advise the farmer that the infectious agent of pinkeye is ''Moraxella bovis. ''Some strains cause more severe eye disease than other strains.

You provide treatment for the affected animals.

You advise the farmer how to prevent further cases:
* Separate animals with pinkeye from the healthy animals (isolate), monitor the cattle and remove any newly affected animals as soon as they are noticed.
* Move the piles of dung further away from the feedlot and try and reduce the number of flies.
* If possible source another type of feed that is not long and stalky, consider modifying the feeding troughs so the feed is not standing upwards, and consider spraying dry feed to reduce dust.
* Try and do cattle work in the mornings when there is less dust and sunlight. Consider watering the yards before working the cattle
* Recognise that having more cattle in the feedlot will increase the occurrence of disease, particularly when other causes are present (dry, hot, dusty conditions). When multiple causes are present, preventive strategies should be implemented even if there are no cases in order to try and prevent new cases from occurring.
* If vaccination is available and economically viable consider vaccination to reduce disease.
* Do not bring new cattle that have pinkeye as you will introduce the infection to the animals in the feedlot. Try to avoid moving infected animals from the feedlot to other groups of cattle for the same reason.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills also help us think about the '''''causes of disease''''' and the '''''methods of spread and transmission''''' the infectious agent uses to infect animals.

Knowing about the epidemiology of this disease will help you to provide the best treatment for affected animals but even more importantly, field epidemiology skills allow you to provide advice for preventing the disease from occurring.

Prevention is important when there are cases already occurring in order to minimise the number of animals that get affected and require treatment. These are control measures that are implemented in the face of an outbreak.

Finally, the trader can also act on your advice to put preventive strategies into place when there is no pink eye occurring but when known causes of the disease are present. This allows the trader to reduce the risk of disease occurring, which will improve animal growth and profitability and reduce his costs into the future.

=== Example 5 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a chicken farm where there are some chickens that have drooping heads, closed eyes, sneezing, and greenish diarrhoea and there has been chicken deaths. }}

'''Information collected during investigation'''

{{example|This is mainly a problem in the young chickens

The chickens are not eating and have little energy

There were a few new birds that were sick when they arrived at the farm 8 days ago

There were a few sick chickens 3 or 4 days ago and now there are many

There are many chickens in a small area and it is a bit dirty

There are wild birds nesting in the roof}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You conduct some post-mortems on dead chickens and take samples from these and from sick chickens for laboratory testing.

You advise the farmer that causes of this disease could include:
* Introduction of the disease into the farm by newly bought chickens
* Wild birds
* No vaccination
* Young age of chickens
* Crowding (high population density)
* Visitors with dirty clothes (contaminated with the infectious agent)
* Contaminated food or water

You advise the farmer that the infectious agent (''differential diagnoses'') could be Newcastle disease, avian influenza (Highly pathogenic HPAI), duck plague, acute poisoning, fowl cholera, and mycoplasmosis. The incubation period could between 3 and 5 days. For your area the most likely infectious agent is Newcastle disease.

You advise the owner that the chickens have clinical signs fit a priority syndrome (MMU or sudden increase in mortality in chickens and other poultry). This has to be reported to iSIKHNAS as MMU. Further actions including government response activities and control strategies, may be required if a priority disease is confirmed once laboratory results are obtained.

You advise the farmer this may be a zoonotic disease. Everyone must be really careful to avoid very close contact with sick or dying birds, not to drink or wash with water from the chicken shed and be sure to wash carefully after handling birds and before eating or preparing food.

You advise the farmer how to prevent cases in general:
* Don't keep chicken too many chickens in a small area and keep the area clean
* Keep chickens in good health â€“ worm, vaccinate, provide good feed and water
* Dispose of dead birds properly (bury or burn them)
* Separate sick birds from healthy birds
* Keep wild birds from coming into contact with your chickens
* Develop strategies to reduce the likelihood of introducing the disease into your birds from new birds or from visitors â€“ only bring healthy chickens onto your farm, separate new chickens for 10 days if possible to see if any signs of disease develop, and ensure that any visitors are clean and have not come straight from other poultry farms to your farm.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help para-veterinarian to understand likely '''causes of disease '''and use this information to provide the best advice for treatment and prevention of disease in other animals on the farm.

Field epidemiology and your knowledge of priority diseases and priority syndromes and your training in iSIKHNAS allow you to report this case as a priority syndrome and ensure that appropriate disease investigations are conducted to diagnose the cause. If a priority disease (such as HPAI) is confirmed this will then lead to the correct response actions as outlined in national policy.

Where the investigation identifies some other disease agent (such as Newcastle disease) as the cause and rules out a priority disease, then routine disease control measures will apply based on treatment and prevention measures for that disease. This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing â€“ investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

Epidemiology skills allow you to provide useful advice on future management of the farm to prevent new infections being introduced.

Epidemiology skills also help you to think about possible zoonoses and provide appropriate advice to the farmer and his family so they can minimise the chance of getting sick themselves.

== Field Epidemiology in priority disease control programs ==

Field epidemiology skills are very important for para-vets involved in priority disease control programs. The understanding of causes and the effect of disease at a population level is very helpful when thinking about why different strategies are used to control specific diseases, and also in explaining processes to farmers.

=== Example 6 ===

'''Case introduction'''
{{example|You visit a farm where there are dead cow with un-clotted blood oozing from their orifices.}}

'''Information '''

{{example|There have been cases of anthrax on the same farm years ago

There are 4 dead cows and another 15 live cows on the farm.}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You examine the dead animals and take samples.

You advise the farmer that this is a priority syndrome (MTD - Sudden death with blood from the orifices in cattle), and that you need to report this to iSIKHNAS. There will most likely be a formal government investigation and response. This is also a dangerous zoonotic disease.

You advise the farmer of initial control strategies that they can start to put into place today to prevent further cases:
* remove any live animals from the immediate area where the dead cattle are or from potential sources of anthrax - '''Animal management'''
* consider treating live animals that have been in contact with the dead animals with penicillin to treat or prevent anthrax â€“ '''Animal treatments'''
* stop any new animals entering the farm or sick animals leaving - '''Control of animal movements'''
* proper disposal of the carcasses of dead animals is very important, and all people should pay attention to hygiene when handling the dead animals and the dead animals are not suitable for eating - '''Biosecurity'''

You advise the farmer that it is really important to control this disease because it can last so long in the environment and can also kill humans. Additional control strategies may be put into place once anthrax is confirmed including:

Separating animals and humans from potential sources of infection and preventing animals and sometime humans from going onto or off the farm - '''Quarantine'''

Conducting a vaccination program for live animals on the farm and possible surrounding farms or district - '''Vaccination'''}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases.

Effective use of iSIKHNAS will help in rapid reporting of a priority syndrome and in triggering an investigation with appropriate laboratory testing to confirm the diagnosis of anthrax. This ensures that effective control measures can be put into place as soon as possible and minimise the risk of additional animal deaths or infection in humans.

With anthrax this is important as it can cause disease and death in humans. Some control strategies can be implemented immediately to help prevent further cases. Other control strategies need formal government direction such as quarantine or more in depth planning and funding such as vaccination programs.

=== Example 7 ===

'''Case introduction'''
{{example|A cow is reported to be drooling saliva on a nearby farm.}}

'''Information available'''

{{example|The cow has been examined and some lesions observed on the mouth and tongue that resemble ulcers and fluid filled blisters or vesicles.

The case has been identified as a priority syndrome (PLL - limping, excessive salivation and vesicles on the mouth / foot / teat in cattle).

Samples were sent to the laboratory

The case has been reported to iSIKHNAS and there has been a formal government response involving DINAS veterinarians.

The following control strategies have been implemented:
* Quarantine - locally
* Biosecurity

The IndovetPlan for foot-and-mouth disease outlines further control strategies if the laboratory result is positive. These may include
* Quarantine for larger areas
* Slaughter programs
* Vaccination programs

The laboratory result and other information rule out foot-and-mouth disease for this particular case}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community, especially local farmers, are aware of the serious nature of FMD to Indonesia and that they understand why control measures are being used before a confirmed case exists.

You need to communicate and celebrate with the community and the affected farmer that FMD has been ruled out because of the testing that was done. This will include having to explain why it was important to have initial control measures in place before the test results were released, just as a precaution in case the cow did have FMD. As soon as the negative test result is released the control measures were removed.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help to understand '''signs''', '''syndromes, differential diagnoses, '''how a '''definitive diagnosis''' is reached, and the '''approach to disease investigation. '''This combined with an understanding of '''causes''', '''transmission,''' and '''spread''' of diseases and knowledge of the need to recognise, investigate and control priority diseases will allow you to explain why it is important to start control strategies before a diagnosis is confirmed.

Effective use of iSIKHNAS ensures that the initial priority syndrome is reported rapidly and that appropriate measures including laboratory testing and initial control measures are carried out quickly to prevent any possible spread of disease just in case it had been a priority disease such as FMD.

This is an example of successful disease surveillance and indicates that the iSIKHNAS system and the para-vet service is doing exactly what they should be doing - investigating disease occurrence to identify the causes and act accordingly.

=== Example 8 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been a rabies control program running on this area for the last 2 years}}

'''Information available'''

{{example|In the last 2 years there have been 86 confirmed rabies cases in dogs and 3 cases in humans

The current vaccination program has been running for 18 months

The current estimate of dogs in the area is 2000

The current estimate of vaccinated dogs is 1200 (60%)

The program's goal is to vaccinate 80% of dogs}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of rabies, the control program, and the importance to avoid being bitten by dogs.

You work with the dog catching and vaccination team. You need to ensure that as many dogs are vaccinated as possible, they are given booster vaccination if required, the vaccine is always stored at the right temperature, results of each days vaccinations are entered into iSIKHNAS.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''disease progression in individuals and populations '''and how vaccination can be used to reducing the susceptible population. The vaccination program aims to reduce the number of susceptible animals by increasing immunity and reducing the '''transmission''' and '''spread''' of disease. Epidemiology also helps us to understand how the concept of '''herd immunity '''is helpful in disease control since it means that provided a high proportion of the dog population is vaccinated (more than 70-80%), the herd immunity effect will mean that the vaccination program should result in a progressive reduction in the number of new cases of rabies in dogs.

Knowledge of zoonotic diseases helps us to communicate effective strategies for humans to prevent exposure (avoid being bitten) and to go to a doctor for post-exposure treatment (PET) if they have been bitten by a dog that may have rabies.

=== Example 9 ===

'''Case introduction'''
{{example|There has been HPAI confirmed in a chicken farm in your area}}

'''Information available'''

{{example|The investigations identified many chickens were sick or dead

Laboratory samples were taken and the laboratory confirmed HPAI virus

The laboratory test result and the clinical signs mean that HPAI has been confirmed as the definitive diagnosis in this case

There has been a formal government response including the following control strategies:
* Slaughter
* Quarantine
* Biosecurity
* Vaccination programs for surrounding areas}}

'''Para-veterinarian's actions'''

{{example|You ensure the community is educated about the risk of HPAI, the control program, and the importance getting rid of this disease. You explain to the community why all the chickens need to be slaughtered and how the disease can cause deaths in people. You explain why biosecurity is very important to prevent humans spreading the disease to new farms

You work within the different parts of the control program.}}

'''Epidemiology context'''

Epidemiology skills help us to understand '''causes of disease''' and think about '''control strategies''' to prevent further cases. HPAI is important as it can cause disease and death in humans. A number of control strategies need to be used together to best prevent spread of the disease.